MNN来源:Batch effects in single-cell RNA sequencing data are corrected by matching mutual nearest neighbors 我本人也是刚接触scRNA-seq,所以写的东西可能比较小白,还请大家多指导。最近阅读的一篇nb上的文章,写一点东西,一方面给自己,一方面大家一起交流,闷着肯定不行。 MNN,英文全称mutual nearest neighbor,互近...
英文标题:Unravelling subclonal heterogeneity and aggressive disease states in TNBC through single-cell RNA-seq 中文标题:在TNBC中通过单细胞RNA-seq说明亚克隆异质性和侵略性 期刊:《Nat Commun》 影响因子:14.910发表时间:2018 Sep 4 研究领域:单细胞 01 文献概述 每个肿瘤内基因表达的细胞间异质性是可变的,并...
scRNA-seq揭示胰腺导管腺癌恶性进展过程中肿瘤微环境的动态变化 数据分析node.js流计算 Oceanus 胰腺导管腺癌(PDAC)在所有胃肠道肿瘤中死亡率最高。根据年度癌症统计报告,最近 PDAC 的预后仅略有改善,5 年生存率为 8-9%。主要归因于PDAC缺乏早期诊断的可靠标志物、手术切除率低和放化疗耐药,只有15-20%的胰腺癌患者...
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方法:①从TISCH2数据库中检索到的scRNA-seq图谱来筛选出CD8+T细胞特征基因;②利用Cox和LASSO回归构建基于这些CD8+T细胞特征基因的TCGA队列预后模型;③进行生存分析以研究特征对TCGA和GEO队列中GC患者临床结局的预测能力;④从免疫浸润、TMB、ICB表达、TME、MSI、TIDE和TCIA评分等角度进一步研究了风险特征与肿瘤免疫治疗...