●2、肺细胞scRNA-Seq鉴定出多种细胞簇 作者通过对小鼠肺组织细胞进行分析,通过经典标志物和单R鉴定出20个具有特定分子标记的不同群体,包括B细胞、T细胞、单核细胞、中性粒细胞、纤维细胞、平滑肌细胞、巨噬细胞和2组先天淋巴样细胞(ILC2s)等(Fig.2A),上述所有细胞类型在对照组和地铁PM2.5组小鼠中比例相似,无显著...
研究通过单细胞转录组测序揭示了骨植入物周围的骨免疫微环境和细胞异质性,对于骨形成领域想做单细胞转录组测序的老师们来说是非常值得借鉴的一篇文章。 实验设计 scRNA-seq:四种骨再生材料植入6-8周龄C57BL/6雄性小鼠的胫骨;对照组仅做实验,不植入材料。三天后取股骨内的骨髓细胞和植入物制备样本,上机建库测序。 ...
技术策略:scRNA-seq,代谢组,16S 影响因子:11.1 物种样本:PDAC肿瘤 这篇文章主要探讨了免疫响应基因(IRG1)及其代谢产物itaconate(衣康酸)在调节动脉粥样硬化炎症中的作用。通过scRNA-seq揭示了IRG1在免疫细胞中的丰度变化,及在疾病中的调控机制。通过靶向代谢组检测了小鼠骨髓来源巨噬细胞中衣康酸的绝对含量,与IRG1...
我们的scRNA-Seq分析表明,RUNX1减少造成的缺陷至少部分是由于pre-HE向HE细胞的低效转变造成的。在HE之前,RUNX1在一部分内皮细胞中低水平表达,这与P2启动子和几个RUNX1增强子在内皮细胞中染色质的可及性一致。RUNX1在内皮细胞中的表达似乎是随机的;然后它在部分pre-HE细胞中增加,并在HE和IACs中均匀高表达。 scA...
作者利用10x Genomics平台对3例ESCC患者肿瘤和癌旁组织进行scRNA-seq,质控后获得高质量的33,993个单细胞,包括10种主要的细胞类型,文章对这些细胞类型进行了详细的注释,单细胞结果也显示出ESCC不同样本中肿瘤微环境的异质性(图1)。 图1 scRNA-seq揭示ESCC细胞多样性 ...
说实话我这人一直比较悲观,个人以为现在这种小样本的动物单细胞数据应当不太容易发十分左右的文章,况且从单细胞数据分析的角度来说这篇文章确实不能算是优秀。但是这篇文章确实是DR领域较早的scRNA-Seq作品(不是第一篇,有更早的[2]),作为开拓者之一确实值得《Diabetes》的青睐。所以目前若能抢先揭示一类疾病模型的...
单细胞转录组测序(scRNA-seq)研究揭示了山羊、小鼠和人类颗粒细胞和鞘细胞的异质性。然而关于关键发育事件、颗粒细胞异质性、功能注释和复杂的体细胞-卵母细胞相互通讯的基本问题在单细胞分辨率水平上仍未得到充分解决。此外不同类型颗粒细胞之间的通讯变化研究仍然有限,尤其是在家畜研究中。猪作为重要家畜和研究人类生殖...
目标:利用文章中描述的工具和方法,复现文中主要的scRNA-seq分析图表 前言 最有效的学习方法就是在实践中学习,今天开始要尝试复现的文章是A Cellular Taxonomy of the Bone Marrow Stroma in Homeostasis and Leukemia,该文章于2019年发表在Cell杂志上。文章的分析代码并未开源,因此只能根据原文描述来尽量复现其结果。
单细胞RNA测序(single-cell RNA sequencing,scRNA-seq)技术作为一项革命性工具,在单细胞水平上对转录组进行分析,已经被广泛用于多个方面的生物医学研究,包括肿瘤异质性研究、新细胞类型的鉴定、组织发育与细胞分化过程研究和基因调控网络研究等。通过scRNA-seq获得高通量的单细胞转录组数据后,利用原位组织学验证是目前流行...
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