1. Acquisition of scRNA-seq profiles from primary TNBC 从六位原发性、非转移性三阴性侵入性导管癌的女性中收集了肿瘤进行scRNA-seq。所有肿瘤都是TNBC的组织特征,由密集的侵入性导管癌细胞组成。 分析了患者中总共1189个细胞 2. Cellular heterogeneity within primary TNBCs 标记基因和聚类的方法共同使用将 1189...
MNN来源:Batch effects in single-cell RNA sequencing data are corrected by matching mutual nearest neighbors 我本人也是刚接触scRNA-seq,所以写的东西可能比较小白,还请大家多指导。最近阅读的一篇nb上的文章,写一点东西,一方面给自己,一方面大家一起交流,闷着肯定不行。 MNN,英文全称mutual nearest neighbor,互近...
Smart-seq2 降维分析:主成分分析(PCA) 和 t-SNE GO注释 部分R包 R包SC3:进行分群 R包scran:细胞周期分析 04 结果 单细胞RNA测序揭示了乳腺CAFs亚群分类 研究人员采用单细胞RNA测序技术来检测从乳腺癌模型MMTV-PyMT小鼠的肿瘤中分离出的间质细胞。由于CAF缺乏统一标志物,研究人员采用了反向筛选策略,使用荧光激活细...
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方法:①从TISCH2数据库中检索到的scRNA-seq图谱来筛选出CD8+T细胞特征基因;②利用Cox和LASSO回归构建基于这些CD8+T细胞特征基因的TCGA队列预后模型;③进行生存分析以研究特征对TCGA和GEO队列中GC患者临床结局的预测能力;④从免疫浸润、TMB、ICB表达、TME、MSI、TIDE和TCIA评分等角度进一步研究了风险特征与肿瘤免疫治疗...