代码语言:javascript 复制 data("ref_scMCA")dim(ref_scMCA)#>[1]3028894pancreas_sub<-RunKNNPredict(srt_query=pancreas_sub,bulk_ref=ref_scMCA,filter_lowfreq=20)CellDimPlot(srt=pancreas_sub,group.by="KNNPredict_classification",reduction="UMAP",label=TRUE) 7、使用scRNA-seq数据进行细胞注释 利用之前...
CellDimPlot(srt = pancreas_sub, group.by ="KNNPredict_classification", reduction ="UMAP", label =TRUE) 7、使用scRNA-seq数据进行细胞注释 利用之前成人胰腺的scRNA-seq数据也可以直接进行注释,注释可在单个细胞层面或整个细胞类型层面进行: pancreas_sub <- RunKNNPredict( srt_query = pancreas_sub, srt_...
单细胞RNA测序(scRNA-seq)技术的发展和应用促进了细胞水平转录组的研究,并积累了大量单细胞基因表达数据。机器学习在模式识别和数据挖掘领域有着出色的表现,利用机器学习算法对基因表达数据进行分析并获得基因表达特征,有助于疾病预测、诊断和靶向治疗。但机器学习算法对样本量的需求较高,而现有转录组学数据往往缺乏足够...
该研究通过改进SMART-seq2 来特异性捕获mRNA的3′端来获得更多携带polyA位点的读长(reads)。结合 C1 单细胞自动制备系统对多个细胞系进行scPolyA-seq并建立了 scPolyA-seq的分析流程。相对于10x Genomics单细胞转录组方法(scRNA-seq),scPolyA-seq获得的读长数、基因数、携带polyA位点的读长占比和数目都有大幅提升...
scPLAN excels in annotating unlabeled scRNA-seq data using a reference dataset structured along a hierarchical cell-type tree. It identifies potential novel cell types in a systematic, layer-by-layer manner. Additionally, scPLAN effectively integrates annotated scRNA-seq datasets with v...
研究者认为,类似于单细胞RNA测序(scRNA-seq)的早期阶段,通过提供蛋白质水平信息,scPiMS有望利用绘制不同疾病表型背后的细胞类型来推进单细胞生物学,为了解细胞类型和功能之间的关系提供了新的工具和视角。 目前,该技术的开发仍处于早期阶段,但为高通量的蛋白质组学研究提供了一条新的道路。论文...
今天这期推文,我们继续来升级我们的单细胞可视化结果,前面一期推文我们讲解了Scillus包可以绘制不同平常的scRNA-seq可视化结果,详细推文如下: “承包单细胞所有美图?这个R包就够了! ” 然后今天这期我们继续介绍另一款单细胞美图的R包——scpubr包 scpubr包的详细帮助文档:About this package | SCpubr (enblacar....
SCS【32】基于scRNA-seq数据中推断单细胞的eQTLs (eQTLsingle) SCS【33】单细胞转录之全自动超快速的细胞类型鉴定 (ScType) SCS【34】单细胞/T细胞/抗体免疫库数据分析(immunarch) SCS【35】单细胞转录组之去除双细胞 (DoubletFinder) SCS【36】单细胞转录组之k-近邻图差异丰度测试(miloR) ...
timsTOF SCP 专为无偏深度 4D-定量单细胞蛋白组学、免疫肽组学、表观蛋白质组学和翻译后修饰组学( PTM )设计,和 scRNA-seq 技术形成补充,从而拓展单细胞研究的视野。 重新定义单细胞蛋白质组学 发现真正的蛋白质组异质性 timsTOF SCP 拓展单细胞研究视野 ...
【1】Bulk RNA-seq和scRNA-seq数据收集与预处理 文献解读 TCGA、GEO公共数据下载 差异表达基因分析 富集分析 【翰佰尔生物】 1065 -- 15:49 App 单细胞二区文章复现 EP04丨全流程讲解丨生信分析丨Meta分析丨临床丨附送完整代码 798 -- 8:47 App 【单细胞合集7】单细胞hdWGCNA分析(WGCNA分析)代码及示例数据...