首先,我们可以通过Bulk RNA-seq获取一组细胞的转录组测序数据,然后运用Binary进行差异表达分析,当然也可以使用生存分析或者连续变量相关性分析,提取出Phenotype+ 标记基因以及Phenotype-标记基因,进而将其用于鉴定和分类细胞。除了Bulk RNA-seq,也可以直接进行Single-cell RNA-seq,找到Phenotype标记基因,然后进行AUCell分析,...
单细胞RNA测序(scRNA-seq)技术的发展和应用促进了细胞水平转录组的研究,并积累了大量单细胞基因表达数据。机器学习在模式识别和数据挖掘领域有着出色的表现,利用机器学习算法对基因表达数据进行分析并获得基因表达特征,有助于疾病预测、诊断和靶向治疗。但机器学习算法对样本量的需求较高,而现有转录组学数据往往缺乏足够...
Especially useful foranalyzing large scRNA-seq datasets: does not suffer from “cell-crowding” even with large numbers of input cells; better preserves hierarchical, global structures; forms a reference to annotate new profiled cells from future studies (这一点对大型项目非常有帮助,比如健康群体的Hum...
The timsTOF SCP ►for quantitative single cell biology research with unbiased, deep single-cell 4D-Proteomics™, immunopeptidomics, epiproteomics & PTM analysis to complement scRNA-seq.
scPLAN excels in annotating unlabeled scRNA-seq data using a reference dataset structured along a hierarchical cell-type tree. It identifies potential novel cell types in a systematic, layer-by-layer manner. Additionally, scPLAN effectively integrates annotated scRNA-seq datasets with varying levels ...
timsTOF SCP 专为无偏深度 4D-定量单细胞蛋白组学、免疫肽组学、表观蛋白质组学和翻译后修饰组学( PTM )设计,和 scRNA-seq 技术形成补充,从而拓展单细胞研究的视野。 重新定义单细胞蛋白质组学 发现真正的蛋白质组异质性 timsTOF SCP 拓展单细胞研究视野 ...
研究者认为,类似于单细胞RNA测序(scRNA-seq)的早期阶段,通过提供蛋白质水平信息,scPiMS有望利用绘制不同疾病表型背后的细胞类型来推进单细胞生物学,为了解细胞类型和功能之间的关系提供了新的工具和视角。 目前,该技术的开发仍处于早期阶段,但为高通量的蛋白质组学研究提供了一条新的道路。论文...
今天这期推文,我们继续来升级我们的单细胞可视化结果,前面一期推文我们讲解了Scillus包可以绘制不同平常的scRNA-seq可视化结果,详细推文如下: “承包单细胞所有美图?这个R包就够了! ” 然后今天这期我们继续介绍另一款单细胞美图的R包——scpubr包 scpubr包的详细帮助文档:About this package | SCpubr (enblacar....
结合 C1 单细胞自动制备系统对多个细胞系进行scPolyA-seq并建立了 scPolyA-seq的分析流程。相对于10x Genomics单细胞转录组方法(scRNA-seq),scPolyA-seq获得的读长数、基因数、携带polyA位点的读长占比和数目都有大幅提升(图1)。 图1. scPolyA-seq方法及其优势。(A) 基因的多个polyA位点极大的丰富了转录本的...
Our paper introducing SCPA and demonstrating its use on a T cell scRNA-seq dataset is published in Cell Reportshere Installation You can install SCPA by running: #install.packages("devtools")devtools::install_version("crossmatch",version="1.3.1",repos="http://cran.us.r-project.org")devtools...