全称:Single-Cell Assay for Transposase-Accessible Chromatin using sequencing 核心目标:测量每个单细胞中染色质的开放性(Chromatin Accessibility),从而了解基因调控区域(如启动子、增强子)的活跃状态。 原理:通过测序染色质开放区域的 DNA 片段,揭示可能的转录因子结合位点、调控元件及其活动模式。 2. scATAC-seq 的原...
scATAC-Seq,全称single-cell Assay for Transposase-Accessible Chromatin using sequencing,由哈佛大学HSCRB研究者和Bio-Rad Laboratories联合在2019年6月24日Nature Biotechnology发布。 scATAC-Seq是在2013年斯坦福大学William J. Greenleaf、Jason Buenrostro和Howard Y. Chang实验室开发的用于研究染色质可及性的ATAC-Seq...
NBT | mtscATAC-seq:单细胞线粒体DNA基因分型与染色质分析新方法 线粒体在代谢过程中具有非常关键的作用,而且由于线粒体具有独立的基因组而成为非常独特的细胞器。线粒体中的基因组通常具有很高的拷贝数并且编码一系列与线粒体功能相关的蛋白质、tRNAs以及核糖体RNAs。线粒体基因组突变与多种临床疾病相关,据估计...
scATAC-seq已成为剖析调控环境和细胞异质性的强大工具。近日,《Nature Biotechnology》发表了一项scATAC-seq方法的基准测试,研究人员使用人类外周血单核细胞(PBMC)作为参考样本,对8种scATAC-seq方法的性能进行了基准测试,并开发了PUMATAC(一种通用的预处理流程),用于处理各种测序数据格式。 研究团队对8种不同的scATAC-se...
序号登记日期软件全称软件简称登记号版本号 12020-12-24晶能生物BS分析软件-2020SR1269637V2.0 22020-09-03晶能生物ceRNA分析软件-2020SR1035799V2.0 32020-08-25晶能生物aaVaa分析软件-2020SR0977516V1.0.0 42020-08-25晶能生物10X单细胞人线粒体单碱基突变分析软件-2020SR0977613V1.0 ...
序号登记日期软件全称软件简称登记号版本号 12024-08-12绾塍CircRNA-seq数据分析软件CircRNA-seq数据分析2024SR1167897V1.0.0 22024-07-22绾塍PersMix单细胞转录组批次效应评估软件PersMix2024SR1036912V1.0 32023-09-12PersScrub单细胞转录组数据双细胞去除软件PersScrub2023SR1043161V1.0.0 ...
注1: ROC曲线全称为受试者工作特征曲线 （receiver operating characteristic curve），它是根据一系列不同的二分类方式（分界值或决定阈），以真阳性率（敏感性）为纵坐标，假阳性率（1-特异性）为横坐标绘制的曲线。AUC就是衡量学习器优劣的一种性能指标，AUC越接近于1.0，表示检测方法真实性越高，...
伯豪生物全称上海伯豪生物技术有限公司,在生命科学领域为科研工作者提供技术支持及服务、科研试剂产品的公司。主营业务:单细胞测序、单细胞核测序、单细胞ATAC测序、单细胞TCR测序、单细胞BCR测序、空间基因测序、空间转录组测序、FFPE空间转录组测序等,多组学科研技术服
之前的推文中,我们主要对scATAC-seq研究的科学问题作了简单的介绍。这篇推文主要介绍scATAC-seq的技术原理和发展历程。下面这张图选自SnapATAC这个R包的作者Rongxin Fang的github上分享的内容(https://github.com/r3fang/SnapATAC/blob/master/notebooks/experiemnt_timeline.md),记录了从2015年到2019年期间scATAC-seq技...