我们用单细胞RNA测序(scRNA-Seq)和单细胞转座酶可及染色质测序的 (scATAC-Seq)方法,分析了从胚胎9.5天(E9.5) 到E11.5小鼠胚胎的尾动脉(背主动脉(DA),脐动脉(U),卵黄(V) )的大约37,000个细胞,鉴定了从E到HE再到IAC细胞的连续发育轨迹。
文中用于展示Klf2-S1pr1通路变化的单细胞ATAC-seq（scATAC-seq）由上海嘉因生物协助完成。1嘉因生物-ATAC-seq介绍ATAC-seq（Assay for Transposase-Accessible Chromatin using sequencing） 是一种广泛用于研究基因组中开放染色质区域的高通量测序技术。其使用Tn5转座酶将染色质中的开放区域特异性地切割并标记，随后这些...
另外,为了进一步解释scATAC-seq数据,我们可以利用来自同一生物组织的scRNA-seq数据对细胞进行分类。scATAC-seq数据与scRNA-seq数据的整合主要是基于scATAC-seq中的基因活性矩阵与scRNA-seq基因活性表达矩阵的相关性,然后根据scRNA中对细胞类型的定义转移至对应的scATAC-seq数据中[2],本文下载了人类 PBMC 的预处理 scRNA-s...
如果您对单细胞RNA测序(scRNA-seq)分析的外周血单个核细胞(PBMC)有所了解,您可能会在单细胞ATAC-seq数据中辨认出特定的骨髓细胞和淋巴细胞群体。然而,由于我们对非编码基因区域的功能作用了解较少,因此在单细胞ATAC-seq数据中对聚类进行注释和解读会更加困难。 我们可以通过评估与基因相关的染色质可及性来尝试量化基...
10x scATAC-seq(Single Cell Assay for Transposase Accessible Chromatin with high-throughput sequencing,单细胞染色质易开放区域测序)基于GemCode微流体平台,利用Tn5转座酶切割染色质的开放区域,并加上测序引物进行高通量测序,以高分辨率研究染色质开放区域,为成千上万个单细胞提供全面的染色质调控图谱。
为了更好地理解 scATAC-seq 测序数据,我们可以通过与人类外周血单核细胞(PBMC)相关的单细胞 RNA 测序(scRNA-seq)实验来对细胞进行分类。我们采用了一种跨数据类型整合和标签迁移的方法,这种方法的详细教程可以在这里找到。我们的目标是找出基因活动矩阵与 scRNA-seq 数据集之间的共同相关性模式,以此来确定两种技术中...
单细胞染色质转座酶可及性的高通量测序(single‑cell assay for transposase‑accessible chromatin with high‑throughput sequencing, scATAC‑seq)是利用转座酶研究单细胞染色质开放性的高通量测序技术,对于研究全基因组的表观遗传调控具有重要的意义。scATAC‑seq能在基因组水平上协助了解细胞的转录调控过程,揭示...
为了检测内皮细胞(E)、HE细胞和IAC细胞之间的细胞和分子转变,以及IAC细胞内HSPC的异质性,我们用单细胞RNA测序(scRNA-Seq)和单细胞转座酶可及染色质测序的 (scATAC-Seq)方法,分析了从胚胎9.5天(E9.5) 到E11.5小鼠胚胎的尾动脉(背主动脉(DA),脐动脉(U),卵黄(V) )的大约37,000个细胞,鉴定了从E到HE再到...
10x scATAC-seq(Single Cell Assay for Transposase Accessible Chromatin with high-throughput sequencing,单细胞染色质易开放区域测序)基于GemCode微流体平台,利用Tn5转座酶切割染色质的开放区域,并加上测序引物进行高通量测序,以高分辨率研究染色质开放区域,为成千上万个单细胞提供全面的染色质调控图谱。
单细胞染色质转座酶可及性的高通量测序(single‑cell assay for transposase‑accessible chromatin with high‑throughput sequencing, scATAC‑seq)是利用转座酶研究单细胞染色质开放性的高通量测序技术,对于研究全基因组的表观遗传调控具有重要的意义。scATAC‑seq能在基因组水平上协助了解细胞的转录调控过程,揭示...