通过scATAC-seq技术将拟南芥的核分布成不同的簇,表明不同细胞群的染色质可及性不同。为了揭示染色质可及性对基因表达的影响,作者整合了snRNA-seq和scATAC-seq数据,证明了细胞类型特异性标记基因同时也揭示了细胞类型特异性的染色质可及性模式。结果显示不同簇的染色质可及性是在细胞类型水平上调控基因活性的关键机制...
scATAC-seq标准分析 | 文献导读-整合单细胞分析揭示肾透明细胞癌的转录和表观遗传调控特征2, 视频播放量 190、弹幕量 0、点赞数 6、投硬币枚数 4、收藏人数 8、转发人数 0, 视频作者 捡羊毛的咩, 作者简介 前生信工程师,生信博在读。gzh你好我是一只羊;搬运号:@一只羊做
scATAC-seq标准分析 | 文献导读-整合单细胞分析揭示肾透明细胞癌的转录和表观遗传调控特征1, 视频播放量 226、弹幕量 0、点赞数 6、投硬币枚数 4、收藏人数 19、转发人数 1, 视频作者 捡羊毛的咩, 作者简介 前生信工程师,生信博在读。gzh你好我是一只羊;搬运号:@一只羊做
此外,复杂的细胞增殖、空间差异、谱系决定和中间神经元迁移背后的复杂调控网络仍不清楚。 在这项研究中,我们使用scRNA-seq和单细胞分析技术,通过高通量测序(scATAC-seq),这项技术能够捕获染色质上的开放区域,以研究人类和猕猴胚胎中GEs的转录轨迹。我们发现,在人类和猕猴之间发育的GEs中,大多数基因调控网络都很保守,...
在这里,作者使用scRNA-seq和 scATAC-seq来表征猴子和人类 GEs 中细胞多样性的出现,这个区域(神经节隆起)是大多数纹状体和皮质中间神经元产生的地方。作者确定了产生各种中间神经元的祖细胞之间的区域和时间多样性。这些细胞在灵长类 GEs 中由非常保守的基因调控网络指定,类似于在小鼠中发现的那些。
文献解读 | 单细胞 RNA 测序揭示区分过敏性接触性皮炎和刺激性接触性皮炎的分子特征 2024-11-27 十一月高分文献速递 | 单细胞 RNA+ATAC 系列 2024-11-26 文献解读 | 一个正常的人类细胞类型的 DNA 甲基化图谱 2024-11-25 人类细胞图谱计划草图第一版完成——神经系统细胞图谱 2024-11-22 项目文章 |...
由于最近学习多组学方向的思路,顺便随手将以前整理的资源进行了翻阅,发现了非常多好东西,~本次分享的文献是一篇极好的学习scRNA-Seq与scATAC-Seq组学以及联合分析的文献资源!囊括了上游分析的bash代码和下游每一张Figure的复现代码,是一个非常好的学习单细胞与ATAC-Seq联合分析的文献资源,代码可以说整理的非常好了,还...
在上述分享的文献中作者都是按照将细胞一分为二,scRNA-seq处理一半样本,scATAC-seq处理另一半样本的研究策略。然后据此推断哪些类型的细胞在两个数据集中相互对应。然而,这种方法在很大程度上依赖于转录起始位点、启动子位置和基因表达水平之间关系的假设,以及有关不同类型细胞的表观遗传学特征的先验信息。但是处理两份...
本研究通过GWAS确定了ZEB2作为新的CAD相关基因,scRNA-seq和scATAC-seq发现ZEB2特异性调控SMC细胞的基因表达和染色质可及性,促进SMC转化为FMC,抑制SMC转化为CMC。 参考文献: Cheng P, Wirka RC, Shoa Clarke L, Zhao Q, Kundu R, Nguyen T, Nair S, Sharma D, Kim HJ, Shi H, Assimes T, Brian Kim ...
文献解读 |scRNA-seq 联合 scATAC-seq 解析 ZEB2 调控动脉粥样硬化表观遗传景观 服务科技创新,护航人类健康!www.shbio.com