此外,snRNA-seq结果还揭示了其他未被单细胞RNA-seq识别的细胞亚型的转录组。通过scATAC-seq技术将拟南芥的核分布成不同的簇,表明不同细胞群的染色质可及性不同。为了揭示染色质可及性对基因表达的影响,作者整合了snRNA-seq和scATAC-seq数据,证明了细胞类型特异性标记基因同时也揭示了细胞类型特异性的染色质可及性模...
目前单细胞技术发展迅速,单细胞RNA-seq和单细胞ATAC已经应用到多个物种,植物中的多组学应用还相对较少,今天我们分享一篇单细胞ATAC+RNA-seq的文献,是由河北农业大学赵建军团队在国际知名期刊Advanced Science(中科院一区,IF:15.1)在线发表题为“Multiome in the Same Cell Reveals the Impact of Osmotic Stress on Ar...
scATAC-seq标准分析 | 文献导读-整合单细胞分析揭示肾透明细胞癌的转录和表观遗传调控特征2, 视频播放量 190、弹幕量 0、点赞数 6、投硬币枚数 4、收藏人数 8、转发人数 0, 视频作者 捡羊毛的咩, 作者简介 前生信工程师,生信博在读。gzh你好我是一只羊;搬运号:@一只羊做
scATAC-seq标准分析 | 文献导读-整合单细胞分析揭示肾透明细胞癌的转录和表观遗传调控特征1, 视频播放量 226、弹幕量 0、点赞数 6、投硬币枚数 4、收藏人数 19、转发人数 1, 视频作者 捡羊毛的咩, 作者简介 前生信工程师,生信博在读。gzh你好我是一只羊;搬运号:@一只羊做
主要技术:snRNA-seq、scATAC-seq 导语 心脏病是全世界死亡的主要原因。心脏特征的GWAS发现了大量关联,包括100多个与心房颤动(AF)相关的位点。然而,在大多数基因座中,疾病驱动的因果变异仍然未知。进行单细胞染色质可及性分析,以绘制心脏主要细胞类型的开放染色质区域(ocr)。我们的统计精细作图方法利用这些候选CREs来推...
在上述分享的文献中作者都是按照将细胞一分为二,scRNA-seq处理一半样本,scATAC-seq处理另一半样本的研究策略。然后据此推断哪些类型的细胞在两个数据集中相互对应。然而,这种方法在很大程度上依赖于转录起始位点、启动子位置和基因表达水平之间关系的假设,以及有关不同类型细胞的表观遗传学特征的先验信息。但是处理两份...
scATAC文献:利用scRNA-seq和scATAC-seq研究灵长类中间神经元发育过程中的进化保守和非保守调控 INTRODUCTION 人脑复杂有序的神经网络主要由兴奋性谷氨酸神经元和含ɣ-氨基丁酸(GABA能)的抑制性中间神经元组成。中间神经元是高度多样的神经元,具有不同的形态、连接性和生物学功能。兴奋/抑制平衡失调与许多神经发育和神经...
本研究通过GWAS确定了ZEB2作为新的CAD相关基因,scRNA-seq和scATAC-seq发现ZEB2特异性调控SMC细胞的基因表达和染色质可及性,促进SMC转化为FMC,抑制SMC转化为CMC。 参考文献: Cheng P, Wirka RC, Shoa Clarke L, Zhao Q, Kundu R, Nguyen T, Nair S, Sharma D, Kim HJ, Shi H, Assimes T, Brian Kim ...
为了捕获大脑皮层中的细胞异质性,作者使用Chromium platform (10x Genomics)创建了一个基因调控图谱,以通过测序(scATAC-seq)和单细胞RNA测序(scRNA-seq)从四个原始样本中生成转座酶可及染色质的单细胞分析PCW16,PCW20、PCW21和PCW24(图1A)。 image.png