本期我们主要是简单介绍了一下Cellranger ATAC的上游分析流程。总的来说,Cellranger ATAC的运行时间相比RNA运行的时间更长,而在下游分析的过程当中也发现scATAC-seq相比于scRNA-seq的运行时间和内存需要的更多。在下一期推文当中,我们会开始介绍scATAC-seq的下游分析流程。
超级大佬William J. Greenleaf团队开发的scATAC-seq分析软件:ArchR scATAC-seq分析软件:ArchR(二) scATAC-seq分析ArchR(三):使用模块打分注释细胞亚群 ATAC-seq的实验背景我们可以再补充了解一下,增加对数据分析过程中各种指标的理解。看曾老板以前的视频: https://www.bilibili.com/video/BV1C7411C7ez https://www...
以下是对scATAC-seq分析的详细介绍: 一、技术原理 scATAC-seq结合了ATAC-seq和单细胞测序技术。ATAC-seq技术使用一种叫做Transposase的酶(如Tn5转座酶),该酶可以识别并切断开放的染色质区域。通过添加测序适配器,这些开放的区域就可以被扩增、测序和定位到基因组上。在scATAC-seq技术中,每个单细胞都被单独包裹在一个...
Signac支持对单细胞染色质数据进行末端到末端分析,包括峰值检测、量化、质量控制、降维、聚类、与单细胞基因表达数据集的集成、DNA基序分析和交互式可视化等。而且Signac还能够与Seurat,MACS2,chromVAR等软件无缝衔接,促进了多种多模式单细胞染色质数据的分析,比如染色质可及性与基因表达、蛋白质丰度和线粒体基因型的共同...
①单细胞多组学数据整合,候选TFs和基因的识别与筛选和基因调控网络分析。在单细胞多组学数据整合中,利用Seurat的典型相关分析(CCA)将scRNA-seq数据与scATAC-seq数据进行整合,如果存在批次效应,再利用Harmony进行校正,使用后OptMatch将scRNA-seq与scATAC-seq的细胞进行匹配,构建一个伪多模态数据(图1a)。 ②接下来,scMega...
以下是scATAC-seq分析流程的一般步骤: 数据预处理:包括数据质量控制,去除低质量reads、PCR扩增偏差等,通常使用软件如FastQC、Trimmomatic等进行数据预处理。 数据比对:scATAC-seq数据比对通常需要使用比对软件如Bowtie2、BWA等将reads比对到参考基因组上。 信号矩阵生成:在比对后,根据reads的位置和大小信息,生成信号矩阵(...
进一步地,为探究慢性病毒诱导MBC发生变化具体的分子机制,作者结合分析scATAC-seq和scRNA-seq的数据,慢性病毒感染后,A1细胞簇数量明显增加,且从A1簇中能够鉴定出39个染色质开放区域(Fig.3A-B),通过HOMER评估,作者发现这些区域富集了对B细胞生物学重要的转录因子的结合基序(Fig.3C)。与此同时,作者关注了scRNA-seq数据...
为此，作者们对伴红色粗糙纤维肌阵挛性癫痫患者中的类淋巴母细胞进行检测，该线粒体疾病主要是由于细胞中包含会改变tRNA功能的突变3。通过对细胞大量的ATAC-seq实验的分析作者们确认了样品中突变异质性的存在，这前人的工作结果一致【4】。另外，作者们对线粒体中存在的另外一个突变进行分析后发现，覆盖两种突变所有...
Cellranger 上游分析 1)版本的选择 对于Cellranger ATAC的版本相比于RNA而言要少很多,主要可以分为2.0和1.2及之前的版本。2.0版本相比于1.2之前的版本,在算法方面有了比较大的改动。 首先针对于标记PCR重复这一流程,1.2之前的版本主要以起始位置和末端位置为基础进行标记,造成的结果是序列的重复率会随着可及性的增加...
(1)拟时分析:我们将亚群构建的regulons在AUCell中进行打分,然后将每个细胞与拟时间轴的打分进行非线性拟合,从而研究regulons在拟时间轴上的表达模式,挑选具有变化趋势较大的regulons在拟时间上进行发育表达调控的研究。 图8 regulons在拟时间轴上的非线性曲线 ...