我们用单细胞RNA测序(scRNA-Seq)和单细胞转座酶可及染色质测序的 (scATAC-Seq)方法,分析了从胚胎9.5天(E9.5) 到E11.5小鼠胚胎的尾动脉(背主动脉(DA),脐动脉(U),卵黄(V) )的大约37,000个细胞,鉴定了从E到HE再到IAC细胞的连续发育轨迹。
识别scRNA-seq 和 scATAC-seq 数据集之间的anchors 为了在单细胞RNA测序(scRNA-seq)和单细胞ATAC测序(scATAC-seq)实验之间找到相互关联的“锚点”,首先利用Signac软件包中的GeneActivity()函数,通过计算2kb启动子区域和基因体内的ATAC-seq测序计数,来估算每个基因的转录活性。 接下来,使用scATAC-seq数据得到的基因活性...
首先,通过scRNA-seq(图2A)和scATAC-seq(图2B)分别鉴定了不同的细胞亚群:记忆B细胞(MBC),浆细胞(PC)和前体浆细胞/浆细胞母细胞(prePB/PB)。接着对scRNA-seq和scATAC-seq数据进行了整合分析,结果显示两组学数据集在MBC和PC阶段具有的良好的重叠(图2CD)。而来自ATAC-seq数据集的近一半的prePB未被预测为prePB,...
6、scRNA -seq和scATAC-seq联合分析主动脉压力应激和适应性程序 当主动脉细胞受到压力(如血流动力学压力升高)时,它们会通过改变自身功能来适应环境,从而使主动脉保持其强度。为了了解这种适应性反应的调控,我们研究了主动脉平滑肌细胞(SMC)在对血管紧张素 II(Angiotensin II)输注的适应性反应过程中的转录组和表观组...
内容概要:从FoxD1cre;mTmG小鼠胚胎关键发育时期中分离出单个肾素细胞,并联合scRNA-seq和scATAC-seq进行分析,描述了肾素细胞发育过程中的染色质和转录组变化,确定了MEF2和NFI转录因子家族被富集,并可能控制肾素细胞命运。 2、人类内源性逆转录病毒K有助于胶质母细胞瘤干细胞生态位的形成 ...
整合scRNA-seq和scATAC-seq中的SMC细胞数据,降维分析发现SMC可以聚类为静息态和转化态SMC(Fig 2J)。Monocle软件构建SMC演化状态(Fig 2K),平滑肌细胞起始于收缩基因高表达状态,随着SMC转化为FMC,其表达量逐渐降低(Fig 2L)。Zeb2表达伴随于Zeb结合位点的可及性降低(Fig 2M-2O)。随着演化轨迹,出现CMC细胞时,Zeb2...
本研究结合scRNA-seq和scATAC-seq对四个时期的胎儿大脑皮层细胞进行联合分析,完成了人大脑皮层发生过程中各细胞类型的单细胞基因表达和调控图谱,发现了在皮层发生过程中,一系列可以通过染色质开放性预测表达水平的基因,进一步的深入研究,发现了神经元和胶...
识别scRNA-seq 和 scATAC-seq 数据集之间的anchors 为了在单细胞RNA测序(scRNA-seq)和单细胞ATAC测序(scATAC-seq)实验之间找到相互关联的“锚点”,首先利用Signac软件包中的GeneActivity()函数,通过计算2kb启动子区域和基因体内的ATAC-seq测序计数,来估算每个基因的转录活性。
如何将scRNA-seq和scATAC-seq的细胞进行联合可视化(共同嵌入) 如何将scATAC-seq细胞映射到由scRNA-seq实验生成的UMAP空间中 本文大量使用了Signac软件包,这是一个新近开发的用于分析单细胞分辨率下收集的染色质数据集的工具,包括scATAC-seq数据。 采用了一个公开的约12,000个人类外周血单个核细胞(PBMC)的“多组学”...
内容概要:从FoxD1cre;mTmG小鼠胚胎关键发育时期中分离出单个肾素细胞,并联合scRNA-seq和scATAC-seq进行分析,描述了肾素细胞发育过程中的染色质和转录组变化,确定了MEF2和NFI转录因子家族被富集,并可能控制肾素细胞命运。 2、人类内源性逆转录病毒K有助于胶质母细胞瘤干细胞生态位的形成 ...