3、scATAC-Seq识别RUNX1增强子和转录因子motif增加pre-HE的可及性 我们对E10.5 CD44+E+HE+IAC细胞进行了scRNA-Seq和scATAC-Seq,获得了1670个细胞的高质量开放染色质图谱,涵盖了从E到IAC的各种细胞类型 (图5A)。对特异转录因子(TF)的结合模式进行评估(图5E),结果显示与TF表达模式有很强的相关性,这与scRNASeq数...
平台:10X scRNA-seq、10X scATAC-seq doi:10.1016/j.celrep.2020.108491 摘要:紊乱血流(d-flow)通过调节内皮细胞(ECs)的基因表达诱导动脉粥样硬化。为了进一步了解其机制,利用小鼠部分颈动脉结扎(PCL)模型,从暴露于d-flow 和stability-flow (s-flow in RCA)的左右颈动脉中提取内皮细胞,进行了scRNA-seq和scATAC-...
7、scRNA-seq和scATAC-seq联合分析揭示肝类器官的异质性 为更深入地了解器官组织的转录组和表观基因组,对两种状态(可扩展和更分化)的肝脏类器官组织进行scRNA-seq和scATAC-seq分析。已分化肝细胞的线粒体基因表达高于未分化肝细胞,ATAC-seq峰值在线粒体控制区附近增加。肝脏类器官组织的分化导致了作为增强子和抑制因...
识别scRNA-seq 和 scATAC-seq 数据集之间的anchors 为了在单细胞RNA测序(scRNA-seq)和单细胞ATAC测序(scATAC-seq)实验之间找到相互关联的“锚点”,首先利用Signac软件包中的GeneActivity()函数,通过计算2kb启动子区域和基因体内的ATAC-seq测序计数,来估算每个基因的转录活性。 接下来,使用scATAC-seq数据得到的基因活性...
整合scRNA-seq和scATAC-seq中的SMC细胞数据,降维分析发现SMC可以聚类为静息态和转化态SMC(Fig 2J)。Monocle软件构建SMC演化状态(Fig 2K),平滑肌细胞起始于收缩基因高表达状态,随着SMC转化为FMC,其表达量逐渐降低(Fig 2L)。Zeb2表达伴随于Zeb结合位点的可及性降低(Fig 2M-2O)。随着演化轨迹,出现CMC细胞时,Zeb2...
本研究结合scRNA-seq和scATAC-seq对四个时期的胎儿大脑皮层细胞进行联合分析,完成了人大脑皮层发生过程中各细胞类型的单细胞基因表达和调控图谱,发现了在皮层发生过程中,一系列可以通过染色质开放性预测表达水平的基因,进一步的深入研究,发现了神经元和胶...
共同嵌入 scRNA-seq 和 scATAC-seq 数据集 除了能够在不同技术平台间传递细胞标签,还能够在同一个图表中同时展示单细胞RNA测序(scRNA-seq)和单细胞ATAC测序(scATAC-seq)的细胞分布。需要指出的是,这一步骤主要用于图形展示,并不是必须执行的。 通常情况下,在进行scRNA-seq与scATAC-seq数据集之间的整合分析时,主要...
内容概要:从FoxD1cre;mTmG小鼠胚胎关键发育时期中分离出单个肾素细胞,并联合scRNA-seq和scATAC-seq进行分析,描述了肾素细胞发育过程中的染色质和转录组变化,确定了MEF2和NFI转录因子家族被富集,并可能控制肾素细胞命运。 2、人类内源性逆转录病毒K有助于胶质母细胞瘤干细胞生态位的形成 ...
为了进一步了解其机制,利用小鼠部分颈动脉结扎(PCL)模型,从暴露于d-flow 和stability-flow (s-flow in RCA)的左右颈动脉中提取内皮细胞,进行了scRNA-seq和scATAC-seq研究。发现有8个EC簇与免疫细胞、成纤维细胞和平滑肌细胞聚集在一起。Maker基因和拟时序的分析表明ECs具有高度异质性和可塑性。D-flow诱导ECs从...