为了在单细胞RNA测序(scRNA-seq)和单细胞ATAC测序(scATAC-seq)实验之间找到相互关联的“锚点”,首先利用Signac软件包中的GeneActivity()函数,通过计算2kb启动子区域和基因体内的ATAC-seq测序计数,来估算每个基因的转录活性。 接下来,使用scATAC-seq数据得到的基因活性评分,与scRNA-seq中的基因表达量数据一起,作为典型...
在scATAC-seq数据中,对于每一个细胞,我们通过基因及基因上游2kb内的peak丰度去量化每个基因在每个细胞中基因开放性,即在这个区域内,peak丰度越高,基因就越有可能受到转录因子调控或与RNA聚合酶结合,基因开放性越高。对于每一个样本,我们计算平均基因开放性(scATAC-seq)和平均基因表达量(scRNA-seq),并进行相关性分析...
这种分析尤其困难,因为scATAC-seq数据集的注释工作较为复杂,这不仅因为单细胞水平上收集的基因组数据较为稀疏,也因为scRNA-seq数据中缺少易于解释的基因标记。 在2019年由Stuart*, Butler*等人的研究中,引入了一种方法,用以整合来自同一生物体系的scRNA-seq和scATAC-seq数据集,并在本文[1]中展示了这些方法的应用。
1.导入scATCA-seq和scRNA-seq数据 library(Signac) library(Seurat) library(EnsDb.Hsapiens.v86) library(BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38) counts <- Read10X_h5("../vignette_data/multiomic/pbmc_granulocyte_sorted_10k_filtered_feature_bc_matrix.h5") fragpath <- "../vignette_data/multiomic/pbmc_granulocyt...
内容概要:从FoxD1cre;mTmG小鼠胚胎关键发育时期中分离出单个肾素细胞,并联合scRNA-seq和scATAC-seq进行分析,描述了肾素细胞发育过程中的染色质和转录组变化,确定了MEF2和NFI转录因子家族被富集,并可能控制肾素细胞命运。 2、人类内源性逆转录病毒K有助于胶质母细胞瘤干细胞生态位的形成 ...
内容概要:从FoxD1cre;mTmG小鼠胚胎关键发育时期中分离出单个肾素细胞,并联合scRNA-seq和scATAC-seq进行分析,描述了肾素细胞发育过程中的染色质和转录组变化,确定了MEF2和NFI转录因子家族被富集,并可能控制肾素细胞命运。 2、人类内源性逆转录病毒K有助于胶质母细胞瘤干细胞生态位的形成 ...
通过分析单细胞RNA测序(scRNA-seq)数据,我们能很好地在基因表达水平层面对样本细胞进行簇(cluster)的分类,以及marker基因的注释。而分析单细胞转座酶可及染色质测序(scATAC-seq)测序数据可以在染色质层面进行细胞研究,是目前主流的单细胞水平染色质可及性测序解决方案。scATAC-seq可用于绘制细胞染色质开放区的单细胞图谱...
例如,用户可以在相同的生物系统上执行scRNA-seq和scatac-seq实验,并用相同的细胞类型标签集一致地注释这两个数据集。这一分析特别具有挑战性,因为scatac-seq数据集很难注释,因为以单细胞分辨率收集的基因组数据稀少,而且scRNA-seq数据中缺乏可解释的基因标记。 在Stuart,Butler等人,2019年,我们介绍了集成从同一生物系统...
2 识别 scRNA-seq 和 scATAC-seq 数据集之间的锚点 为了确定 scRNA-seq 和 scATAC-seq 实验之间的 'anchors',我们首先使用 Signac 包中的GeneActivity()函数对 2 kb 上游区域和 gene body 中的 ATAC-seq counts 进行量化,对每个基因的转录活性进行粗略估计。然后,将 scATAC-seq 数据中的基因活性评分以及 scRNA...
简介:单细胞分析|整合 scRNA-seq 和 scATAC-seq 数据 引言 单细胞转录组学极大地提升了对细胞状态进行分类的能力,但要深入理解生物学现象,不能仅仅停留在对细胞群的简单列举上。随着新方法的不断涌现,用于测量细胞的不同状态,一个关键的挑战是如何将这些数据集整合起来,以便更全面地理解细胞的特性和功能。