1.导入scATCA-seq和scRNA-seq数据 library(Signac) library(Seurat) library(EnsDb.Hsapiens.v86) library(BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38) counts <- Read10X_h5("../vignette_data/multiomic/pbmc_granulocyte_sorted_10k_filtered_feature_bc_matrix.h5") fragpath <- "../vignette_data/multiomic/pbmc_granulocyt...
内容概要:通过scRNA-seq和免疫库测序技术对原发性干燥综合征(primary Sjogren's syndrome,pSS)患者外周血样本和唾液腺活检中的免疫细胞进行分析,发现pSS患者唾液腺中存在一组高度富集的组织驻留性CD9+CD8+T细胞群,这些细胞可能在介导pSS和其他自身免疫性疾病的腺体和全身效应中发挥作用。 7、scRNA-seq鉴定差异表达基因...
内容概要:通过scRNA-seq和免疫库测序技术对原发性干燥综合征(primary Sjogren's syndrome,pSS)患者外周血样本和唾液腺活检中的免疫细胞进行分析,发现pSS患者唾液腺中存在一组高度富集的组织驻留性CD9+CD8+T细胞群,这些细胞可能在介导pSS和其他自身免疫性疾病的腺体和全身效应中发挥作用。 7、scRNA-seq鉴定差异表达基因...
通过分析单细胞RNA测序(scRNA-seq)数据,我们能很好地在基因表达水平层面对样本细胞进行簇(cluster)的分类,以及marker基因的注释。而分析单细胞转座酶可及染色质测序(scATAC-seq)测序数据可以在染色质层面进行细胞研究,是目前主流的单细胞水平染色质可及性测序解决方案。scATAC-seq可用于绘制细胞染色质开放区的单细胞图谱...
内容概要:从FoxD1cre;mTmG小鼠胚胎关键发育时期中分离出单个肾素细胞,并联合scRNA-seq和scATAC-seq进行分析,描述了肾素细胞发育过程中的染色质和转录组变化,确定了MEF2和NFI转录因子家族被富集,并可能控制肾素细胞命运。 2、人类内源性逆转录病毒K有助于胶质母细胞瘤干细胞生态位的形成 ...
分析流程具有简便新颖性,先对scRNA‑seq数据做,基因差异分析和细胞聚类分析,再对scATAC‑seq数据做染色质可及性分析,转录因子的足迹分析和细胞聚类分析最后我们将两者数据通过coupledNMF联合分析,另外我们将coupledNMF原始要求输入五个文件简化为三个必须文件,简化操作流程,使之能够成为可操作运行的语言程序进行数据分析...
分析流程具有简便新颖性,先对scRNA‑seq数据做,基因差异分析和细胞聚类分析,再对scATAC‑seq数据做染色质可及性分析,转录因子的足迹分析和细胞聚类分析最后我们将两者数据通过coupledNMF联合分析,另外我们将coupledNMF原始要求输入五个文件简化为三个必须文件,简化操作流程,使之能够成为可操作运行的语言程序进行数据分析...
所述scrna-seq分析包括如下步骤: a1、原始数据处理; a2、差异分析和细胞聚类; a3、tf的查找; 所述scatac-seq分析包括如下步骤: b1、原始数据处理; b2、信号峰的位置和强度的寻找; b3、相关性分析和差异分析; b4、转录因子搜寻。 根据上述技术方案,所述步骤a1以测序得到的原始数据的fastq格式文件为输入文件进行原...
2.根据权利要求1所述的一种联合分析单细胞scRNA-seq和scATAC-seq的流程方法,其特征在于,所述步骤A1以测序得到的原始数据的Fastq格式文件为输入文件进行原始数据处理。 3.根据权利要求1所述的一种联合分析单细胞scRNA-seq和scATAC-seq的流程方法,其特征在于,所述步骤A2将步骤A1所得的结果放置在一个文件夹中,进行读...
内容概要:从FoxD1cre;mTmG小鼠胚胎关键发育时期中分离出单个肾素细胞,并联合scRNA-seq和scATAC-seq进行分析,描述了肾素细胞发育过程中的染色质和转录组变化,确定了MEF2和NFI转录因子家族被富集,并可能控制肾素细胞命运。 2、人类内源性逆转录病毒K有助于胶质母细胞瘤干细胞生态位的形成 ...