一般来说,我们先对scRNA-seq数据聚类和注释,然后通过scRNA-seq注释结果再对scATAC-seq数据进行注释,最后我们将scRNA-seq+scATAC-seq数据整合,得到单个细胞中的基因表达和染色质开放性数据,通过WNN算法将相似的细胞聚类到一起,形成两组学整合的细胞图谱。从整合的细胞图谱中我们可以研究两组学的一致性,发现两组学一致的...
识别scRNA-seq 和 scATAC-seq 数据集之间的anchors 为了在单细胞RNA测序(scRNA-seq)和单细胞ATAC测序(scATAC-seq)实验之间找到相互关联的“锚点”,首先利用Signac软件包中的GeneActivity()函数,通过计算2kb启动子区域和基因体内的ATAC-seq测序计数,来估算每个基因的转录活性。 接下来,使用scATAC-seq数据得到的基因活性...
通过分析单细胞RNA测序(scRNA-seq)数据,我们能很好地在基因表达水平层面对样本细胞进行簇(cluster)的分类,以及marker基因的注释。而分析单细胞转座酶可及染色质测序(scATAC-seq)测序数据可以在染色质层面进行细胞研究,是目前主流的单细胞水平染色质可及性测序解决方案。scATAC-seq可用于绘制细胞染色质开放区的单细胞图谱...
3. scATAC-seq和scRNA-seq的区别 scATAC-seq和scRNA-seq相比,scATAC-seq可以提供更多有关细胞内调控机制的信息。如scRNA-seq可以揭示细胞内的基因表达水平,而scATAC-seq可以揭示细胞内开放的染色质区域,从而更深入地了解细胞内的调控机制。 三、scATAC-seq的技术流程 1. 细胞样本的准备 在进行scATAC-seq之前,首先需...
scRNA-seq降维聚类发现,缺失Zeb2只导致转化态SMC的转录组和表型变化(Fig 4A-4C)。对谱系追踪的SMC细胞亚群细分,缺失Zeb2显著降低转化态SMC细胞数目(Fig 4D-4I),总SMC细胞数不变的情况下,CMC细胞百分比增加,FMC细胞百分比降低(Fig 4H-4I),敲除Zeb2促进SMC向CMC转化,类成纤维细胞的重塑态SMC基因MMP3和Cxcl12表达降...
尽管来自 LWC 细胞的 scATAC-seq 比较了再生能力与非再生成纤维细胞,但这样排除了在招募到不同创伤区域(LWC 与 LWP) 或创伤类型(SWs 与 LWs) 的成纤维细胞间差异染色质状态可及性 /motiif 的分析。 伯豪生物为您提供专业的 10X genomics 平台的 scATAC-seq 测序服务,更能提供全面的 scRNA-seq 和 scATAC-...
scATAC文献:利用scRNA-seq和scATAC-seq研究灵长类中间神经元发育过程中的进化保守和非保守调控 INTRODUCTION 人脑复杂有序的神经网络主要由兴奋性谷氨酸神经元和含ɣ-氨基丁酸(GABA能)的抑制性中间神经元组成。中间神经元是高度多样的神经元,具有不同的形态、连接性和生物学功能。兴奋/抑制平衡失调与许多神经发育和神经...
在单细胞的尺度上衡量染色质开放性(例如scATAC-seq)有助于精确理解CRE的活性变化,尤其与单细胞转录组测序技术(scRNA-seq)相结合,可以帮助解析不同转录因子如何协同的调节基因表达网络,从而调节细胞和组织的发育过程。例如,人大脑皮层发生是一个动态的...
因为尽管转录组研究已经获得很多令人激动的进展,但它终归还是一个高度协调、受表观基因组调控的基因表达程序的副产物。因此同时结合scATAC-seq在单细胞水平研究染色质的可及性,即单细胞层面表观基因组学研究,可有助于更加深入的认识疾病发生背后的机制。 小编这里精心挑选了近一年,使用了10X scATAC-seq和10X scRNA-...