3、scRNA-seq和scATAC-seq联合分析揭示ccRCC的转录和表观遗传调控特征 透明细胞肾细胞癌(ccRCC)经常具有高度的肿瘤异质性。在单细胞水平上阐明ccRCC的染色质图谱可以加深对该疾病的功能状态和调控动态的理解。本文对19个ccRCC样本进行了单细胞RNA测序(scRNA-seq)和单细胞转座酶可及染色质测序(scATAC-seq),并利用全外...
先创建scRNA-seq seurat项目 pbmc <- CreateSeuratObject( counts = counts$`Gene Expression`, assay = "RNA" ) 再创建scATAC-seq assay,然后把它加入到seurat项目中 pbmc[["ATAC"]] <- CreateChromatinAssay( counts = counts$Peaks, sep = c(":", "-"), fragments = fragpath, annotation = annota...
内容概要:从FoxD1cre;mTmG小鼠胚胎关键发育时期中分离出单个肾素细胞,并联合scRNA-seq和scATAC-seq进行分析,描述了肾素细胞发育过程中的染色质和转录组变化,确定了MEF2和NFI转录因子家族被富集,并可能控制肾素细胞命运。 2、人类内源性逆转录病毒K有助于胶质母细胞瘤干细胞生态位的形成 Human endogenous retrovirus K ...
内容概要:从FoxD1cre;mTmG小鼠胚胎关键发育时期中分离出单个肾素细胞,并联合scRNA-seq和scATAC-seq进行分析,描述了肾素细胞发育过程中的染色质和转录组变化,确定了MEF2和NFI TF家族被富集,并可能控制肾素细胞命运。 2、人类内源性逆转录病毒K有助于胶质母细胞瘤干细胞生态位的形成 Human endogenous retrovirus K cont...
内容概要:从FoxD1cre;mTmG小鼠胚胎关键发育时期中分离出单个肾素细胞,并联合scRNA-seq和scATAC-seq进行分析,描述了肾素细胞发育过程中的染色质和转录组变化,确定了MEF2和NFI转录因子家族被富集,并可能控制肾素细胞命运。 2、人类内源性逆转录病毒K有助于胶质母细胞瘤干细胞生态位的形成 ...
根据上述技术方案,所述scrna-seq和scatac-seq联合分析包括如下步骤:单独分析scrna-seq和scatac-seq后,再使用皮尔森相关性分析能够对两种数据的共有的差异表达的基因或转录因子进行相关性分析。 根据上述技术方案,所述scrna-seq和scatac-seq联合分析采用耦合分析的方法进行分析数据。
分析流程具有简便新颖性,先对scRNA‑seq数据做,基因差异分析和细胞聚类分析,再对scATAC‑seq数据做染色质可及性分析,转录因子的足迹分析和细胞聚类分析最后我们将两者数据通过coupledNMF联合分析,另外我们将coupledNMF原始要求输入五个文件简化为三个必须文件,简化操作流程,使之能够成为可操作运行的语言程序进行数据分析...
seq的流程方法,其特征在于:包括scRNA-seq分析、scATAC-seq分析、scRNA-seq和scATAC-seq联合分析;所述scRNA-seq分析包括如下步骤:A1、原始数据处理;A2、差异分析和细胞聚类;A3、TF的查找;所述scATAC-seq分析包括如下步骤:B1、原始数据处理;B2、信号峰的位置和强度的寻找;B3、相关性分析和差异分析;B4、转录因子搜寻。
分析流程具有简便新颖性,先对scRNA‑seq数据做,基因差异分析和细胞聚类分析,再对scATAC‑seq数据做染色质可及性分析,转录因子的足迹分析和细胞聚类分析最后我们将两者数据通过coupledNMF联合分析,另外我们将coupledNMF原始要求输入五个文件简化为三个必须文件,简化操作流程,使之能够成为可操作运行的语言程序进行数据分析...