全称:Single-Cell Assay for Transposase-Accessible Chromatin using sequencing 核心目标:测量每个单细胞中染色质的开放性(Chromatin Accessibility),从而了解基因调控区域(如启动子、增强子)的活跃状态。 原理:通过测序染色质开放区域的 DNA 片段,揭示可能的转录因子结合位点、调控元件及其活动模式。 2. scATAC-seq 的原...
这些结果说明mtscATAC-seq可以通过对线粒体不同突变的检测提高对于线粒体疾病相关的细胞谱系分析的能力。 进一步地,作者们建立了一个线粒体基因组分析工具箱(Mitochondrial Genome Analysis Toolkit,mgatk),可以通过mtscATAC-seq对复杂的细胞群体中的克隆结构进行鉴定以及通过高通量的、高质量的方法对单细胞状态相关的线...
scATAC-seq技术的发展 作为原始的bulk ATAC-seq,我们知道其只能解释组织样本的染色质开放性特征,然而对于生命科学领域的许多研究涉及到细胞分化的重要问题,也就是我们希望通过单细胞维度研究由一种细胞类型转变为另一种细胞类型的过程当中,染色质开放性的变化规律,从而研究转录因子在细胞类型转变过程中发挥的作用。 scATAC...
基本信息 软件名称多样本scATAC-seq数据分析流程软件 软件简称ADAM版本号V1.0 登记号2023SR0880386分类号- 著作权人深圳华大生命科学研究院首次发表日期- 登记日期2023-08-02 该公司其他软件著作权 序号登记日期软件全称软件简称登记号版本号 12025-02-18基于圆环病毒基因组起始点注释软件圆环病毒注释软件2025SR0279135V...
但是当我们故意在10X Genomics scATAC-seq试剂中加入过量的细胞(25,000/per reaction), 我们会得到许多doublet。我们使用 demuxlet 根据一个细胞里是否包括两种不同细胞的基因型来判断该细胞是否是doublet。如上图所示，我们的真实结果(ground truth)被预测的doublet覆盖。ROC曲线中的AUC(area under the ...
软件名称晶能生物scATAC-seq分析软件 软件简称GN-scATAC版本号V1.1 登记号2020SR0881075分类号- 著作权人晶能生物技术(上海)有限公司首次发表日期2020-04-07 登记日期2020-08-05 该公司其他软件著作权 序号登记日期软件全称软件简称登记号版本号 12025-03-07晶能生物GN_SC_numbat分析软件GN_SC_numbat2025SR0407899...
scATAC-seq已成为剖析调控环境和细胞异质性的强大工具。近日,《Nature Biotechnology 》发表了一项scATAC-seq方法的基准测试,研究人员使用人类外周血单核细胞(PBMC)作为参考样本,对8种scATAC-seq方法的性能进行了基准测试,并开发了PUMATAC(一种通用的预处理流程),
另外一点,scRNA-seq只能对含有Poly(A)尾的RNA片段进行测序,并需要将片段打断,便于illumina测序;而scATAC-seq能够对细胞核中所有的DNA进行测序,并且不需要将DNA片段打断。 Spatial-ATAC-seq 与RNA-seq的技术发展路线很相似,ATAC-seq技术的发展也呈现着由组织水平到单细胞水平最终达到空间水平的发展趋势。2021年樊荣...
软件名称绾塍scATAC-seq数据分析软件 软件简称-版本号V1.0 登记号2021SR1813198分类号- 著作权人上海绾塍生物科技有限公司首次发表日期- 登记日期2021-11-19 该公司其他软件著作权 序号登记日期软件全称软件简称登记号版本号 12024-08-12绾塍CircRNA-seq数据分析软件CircRNA-seq数据分析2024SR1167897V1.0.0 ...