scATAC-seq实验的测序效率普遍较低。有两种策略可以缓解这个问题:优化样品制备和核提取方案,以尽量减少样品中环境染色质的数量,潜在地应用FACS进行样品清理,以及在文库饱和以下测序,以限制duplicate reads的数量。 除了评估不同的 scATAC-seq 方法之外,此项研究还为单细胞基因组学研究提供了分析工具——PUMATAC,流程可公...
ATAC-Seq是“Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high-throughput Sequencing“的缩写,使用高通量测序 (ATAC-seq) 检测转座酶可及染色质是在全基因组水平上揭示染色质可及性的有效方法。通过 ATAC-seq,来自少数细胞的读数反映了与核小体定位和转录因子结合位点相对应的可及性区域,并使用生物信息学绘制转...
软件名称多样本scATAC-seq数据分析流程软件 软件简称ADAM版本号V1.0 登记号2023SR0880386分类号- 著作权人深圳华大生命科学研究院首次发表日期- 登记日期2023-08-02 该公司其他软件著作权 序号登记日期软件全称软件简称登记号版本号 12024-09-12基于线粒体标记物的真核生物鉴定软件真核生物鉴定软件2024SR1365152V1.1 ...
基于Cicero对scATAC-seq数据构建顺势调控网络软件 基本信息 软件简称Cicero_co_accessible_networks版本号V1.0 登记号2024SR0760468分类号- 著作权人上海诺禾致源医学检验实验室有限公司首次发表日期- 登记日期2024-06-04 该公司其他软件著作权 序号登记日期软件全称软件简称登记号版本号...
为了建立mtscATAC-seq技术,作者们首先对业内广泛使用的10x Genomics平台中基于液滴的scATAC-seq技术的工作流程进行优化。根据最近的研究,基于液滴的scATAC-seq技术能够在每个实验组中对数千个细胞的染色质可及性进行分析【2】。因此,通过对该实验流程的优化可能有助于富集转座酶可及性的线粒体DNA。但是目前的实验方法...
另外一点,scRNA-seq只能对含有Poly(A)尾的RNA片段进行测序,并需要将片段打断,便于illumina测序;而scATAC-seq能够对细胞核中所有的DNA进行测序,并且不需要将DNA片段打断。 Spatial-ATAC-seq 与RNA-seq的技术发展路线很相似,ATAC-seq技术的发展也呈现着由组织水平到单细胞水平最终达到空间水平的发展趋势。2021年樊荣...
ATAC-seq主要是通过Tn5转座酶进入细胞核中,切割核基因组中的开放区域,并连接特异的adaptor。连接adaptor的DNA片段被分离出来,进行高通量测序。其详细的技术原理和bulk ATAC-seq数据分析我就不再赘述,在《生信技能树》中各位可以找到相应的推文。相较于其他的表观组学的测序方法,ATAC-seq具有极为明显的优势,其样本的...