scatac-seq的结果 scATAC-seq的结果主要包括三种类型的信息: 直接得到peaks的单细胞矩阵,这里的peak即为染色质开放的区域。 将基因组按照window/bin等长划分,基于scATAC测序的结果,在所划分的区域内计算开放的活性分数。 基于数据库信息,在开放的区域内,寻找一些TF或是其他因子结合的motif,并计算这些motif相应的开放...
scATAC-seq(Single-cell sequencing assay for transposase-accessible chromatin,转座酶可及染色质的单细胞分析)是一种可以在单个细胞分辨率下直接测量全基因组染色质可及性的高通量测序手段。 这种技术可以揭示样本中每个单独细胞的染色质状态,帮助研究人员了解样本中各种细胞类型的基因调控网络,从而揭示细胞分化或者病变...
聚焦到关键细胞类型,后续再通过scATAC-seq+scRNA-seq多组学方法研究关键细胞类型背后的调控机制;此外,可结合10x Visium、smFISH等技术,了解关键细胞类型在组织中的位置信息,深度解析疾病发展进程或发育过程的动态变化;也可结合数据库中数据(如GEO数据库)或已有研究中scRNA-seq或bulk RNA数据进行数据整合分析或结果对比...
4. SMC特异性敲除Zeb2降低斑块中的转化态SMC细胞 scRNA-seq降维聚类发现,缺失Zeb2只导致转化态SMC的转录组和表型变化(Fig 4A-4C)。对谱系追踪的SMC细胞亚群细分,缺失Zeb2显著降低转化态SMC细胞数目(Fig 4D-4I),总SMC细胞数不变的情况下,CMC细胞百分比增加,FMC细胞百分比降低(Fig 4H-4I),敲除Zeb2促进SMC向CMC转...
现在我们可以通过展示标准标记基因的活性来帮助我们解读ATAC-seq的聚类结果。需要注意的是,这些活性数据的噪声会远大于单细胞RNA测序(scRNA-seq)的测量结果。这主要是因为它们来源于稀疏的染色质数据,并且基于一个假设——即基因体或启动子的可及性与基因表达之间存在普遍的对应关系,但这种假设并不总是成立。尽管如此,...
这一结果清晰地揭示了峰调用在识别关键顺式调控元件方面的局限性,也为后续研究指明了改进的方向,即利用调控注释来优化基于峰的分析方法。2. 整合CRE 注释优化 scATAC-seq 分析,助力解读细胞类型特异性调控特征研究人员推测,借助功能注释,如 ENCODE 的 CRE 注释和基因活性评分,或许能够为染色质可及性峰的解读提供新...
这种情况在传统ATAC-Seq中也存在,这里不再展开叙述了 终于把下载数据折腾完了 1.3 下载【比对索引】或者【自己构建索引】 这里就不得不吐槽10X了,你整那么大的索引干什么,下载起来贼费劲。 下载适配于Cell Ranger ATAC小鼠的参考基因组(13GB,解压后19GB)。没办法,就是这么大,但下载总比自己构建的快且用的安心...
scATAC-seq3:常用工具—SnapATAC简介 但是没有能坚持下来,其实文章给的配套github代码非常齐全了,就是需要花时间钻研和解读。 恰好2022我们又看到了一个带有全套github代码以及配套数据的文章,见:10x的单细胞ATAC上游流程之cellranger-atac,在等待的期间,交流群的学徒就先拿 atac_v1_pbmc_10k 这样的示例数据开始练习...
研究结果 1. 单细胞转录组和染色质可及性分析揭示了人类心脏中的多种细胞类型 分别保留了snRNA-seq中49359个细胞和scATAC-seq中26714个细胞。确定了八种主要细胞类型,约70%的细胞来自心肌细胞(CMs)、成纤维细胞和内皮细胞。收集了相同细胞类型的细胞,并在每种细胞类型中分别鉴定了ocr,每种细胞类型有45000–15000...