scatac-seq的结果 scATAC-seq的结果主要包括三种类型的信息: 直接得到peaks的单细胞矩阵,这里的peak即为染色质开放的区域。 将基因组按照window/bin等长划分,基于scATAC测序的结果,在所划分的区域内计算开放的活性分数。 基于数据库信息,在开放的区域内,寻找一些TF或是其他因子结合的motif,并计算这些motif相应的开放...
scATAC-seq(Single-cell sequencing assay for transposase-accessible chromatin,转座酶可及染色质的单细胞分析)是一种可以在单个细胞分辨率下直接测量全基因组染色质可及性的高通量测序手段。 这种技术可以揭示样本中每个单独细胞的染色质状态,帮助研究人员了解样本中各种细胞类型的基因调控网络,从而揭示细胞分化或者病变...
这些结果表明,Zeb2作为表观遗传抑制因子,结合染色质后,会关闭其结合区域的染色质可及性(Fig 2P)。 Fig. 2 Zeb2降低染色质可及性调控SMC细胞表型转化 3. 敲除Zeb2特异性调节转化态SMC的表观遗传轨迹 对SMC细胞条件性敲除Zeb2的动脉粥样硬化小鼠进行scATAC-seq和scRNA-seq,研究Zeb2调控SMC转化的机制(Fig 3A)。scATA...
聚焦到关键细胞类型,后续再通过scATAC-seq+scRNA-seq多组学方法研究关键细胞类型背后的调控机制;此外,可结合10x Visium、smFISH等技术,了解关键细胞类型在组织中的位置信息,深度解析疾病发展进程或发育过程的动态变化;也可结合数据库中数据(如GEO数据库)或已有研究中scRNA-seq或bulk RNA数据进行数据整合分析或结果对比...
这些结果说明腔祖细胞能够逐渐转化为泌乳型祖细胞。在scATAC-seq鉴定到的L-Sec亚型中进行拟时间分析,同样发现腔祖细胞与泌乳型祖细胞之间存在连续的演化关系(图S3)。对随拟时间分化路径而动态变化的开放性区域进行鉴定,发现在特定时间下高活性的开放性区域。对这些开放区域的转录因子基序进行分析,发现随分化路径而表现出...
scRNA-seq主要结果 scATAC-seq主要结果 嘉因生物早在2019年3月份就通过了10x Genomics CSP单细胞ATAC-seq认证,成为全国首个官方认证服务商,在单细胞ATAC-seq实验分析方面具有丰富经验。如果您需要了解相关信息,可以通过以下方式联系我们。 联系嘉因小助手:微信号gene_regulation ...
单细胞ATAC-seq技术拥有多个优势。首先，它使用更先进的平台选择，如10X Genomics和国产单细胞捕获平台，具有高捕获效率。其次，它具备丰富的技术实力和经验，特别是在针对不同样本类型的单细胞悬液制备等样品处理方面。此外，它具备成熟的数据分析和解读能力，拥有优秀的生物信息学团队，提供全面的数据分析...
这种情况在传统ATAC-Seq中也存在,这里不再展开叙述了 终于把下载数据折腾完了 1.3 下载【比对索引】或者【自己构建索引】 这里就不得不吐槽10X了,你整那么大的索引干什么,下载起来贼费劲。 下载适配于Cell Ranger ATAC小鼠的参考基因组(13GB,解压后19GB)。没办法,就是这么大,但下载总比自己构建的快且用的安心...
scATAC-seq3:常用工具—SnapATAC简介 但是没有能坚持下来,其实文章给的配套github代码非常齐全了,就是需要花时间钻研和解读。 恰好2022我们又看到了一个带有全套github代码以及配套数据的文章,见:10x的单细胞ATAC上游流程之cellranger-atac,在等待的期间,交流群的学徒就先拿 atac_v1_pbmc_10k 这样的示例数据开始练习...