samtools view -h RNA-seq.bam >RNA-seq.sam 2.1.2) 将sam文件转化为bam文件,-b意思使输出使BAM format,-S意思使输入使SAM,如果@SQ 缺剩, 要写-t samtools view -bS RNA-seq.sam > sample.bam 2.1.3) 提取某个区间的比对结果(需要索引文件) samtools view -hb RNA-seq.bam 'chr17:40465680-404658...
samtools view -bS bwa.sam > bwa.bam samtools sort bwa.bam > bwa_sorted.bam samtools index bwa_sorted.bam # 1.3版本后 samtools sort bwa.sam > bwa_sorted.bam samtools index bwa_sorted.bam CRAM是比BAM压缩更加高压的格式,原因是它是基于一个参考序列,这样子就能去掉很多冗余的内容。 samtools sort...
#将sam文件转换成bam文件$ samtools view -bS abc.sam > abc.bam$ samtools view -b -S abc.sam -o abc.bam #提取比对到参考序列上的比对结果$ samtools view -bF 4 abc.bam > abc.F.bam #提取paired reads中两条reads都比对到参考序列上的比对结果,只需要把两个4+8的值12作为过滤参数即可$ samtool...
SAM转BAM :samtools view -bS out.sam >out.bam -b 意思是输出为BAM format -S 意思是输入为SAM,如果@SQ 缺剩, 要写-t,所以如果没有@SQ samtools faidx ref.fa samtools view -bt ref.fa.fai out.sam > out.bam bowtie2 bowtie2建index用: bowtie2-build -f TRAVBV.seq.fa TRAVBV.seq前缀就...
# 1.3版本前samtools view -bS bwa.sam > bwa.bam samtoolssortbwa.bam > bwa_sorted.bam samtools index bwa_sorted.bam# 1.3版本后samtoolssortbwa.sam > bwa_sorted.bam samtools index bwa_sorted.bam CRAM是比BAM压缩更加高压的格式,原因是它是基于一个参考序列,这样子就能去掉很多冗余的内容。