samtools view -q 30 input.bam 提取比对到特定染色体(如chr1)的序列: bash samtools view -c chr1 input.bam 提取比对位置在特定区域(如chr1:1000-2000)的序列: bash samtools view input.bam chr1:1000-2000 检查提取结果,确保满足指定条件: 提取结果可以通过查看输出来验证。如果结果量很大,可以先使...
samtools view -b -f 2 your_file.bam > paired_reads.bam ● -f 2:只保留 FLAG 包含 0x2(properly paired)的 reads。 ● -b:输出 bam 格式。 如果你想排除未比对的 reads,可以使用 -F 参数来排除特定 FLAG 的 reads。例如,排除所有未比对的 reads: samtools view -b -F 4 your_file.bam > mapp...
$samtools flagstatfile.bam#得到比对的统计结果,包括比对率等等。。 4.筛选特定的区域 1 2 3 4 5 6 7 8 #筛选不需要的flag值 $samtools view –F 4file.bam –ofile.filter.sam #限定比对质量值最小值 $samtools view –q 20file.bam –ofile.quality.sam #得到指定位置的sam文件 $samtools viewfile...
samtools view [options]in.bam|in.sam|in.cram[region...] 如果没有指定参数或者区域,这条命令会以SAM格式(不含头文件)打印输入文件(SAM,BAM或CRAM格式)里的所有比对到标准输出。 你可以在输入文件的文件名后面指定一个或多个以空格分隔的区域来限制输出,这样只会输出落在指定区域内的比对。要指定区域,需要一...
如果bam文件已经使用 samtools index 建好index的话，可以输出特定染色体坐标内的reads 如果想取出多个染色体区域的reads的话，就不再建议使用上述的方法了，可以使用 bedtools 之类的工具根据bed文件进行提取。对samtools view命令的简单介绍就到此结束，以后使用有心得再作更新。完。
五.提取特定位置上的比对结果 # 提取bam文件中比对到chr1上的比对结果,并保存到sam文件格式samtools view test.bam chr1 > test.chr1.sam # 线粒体samtools view test.bam chrM > test.chrM.sam # 提取chr1上能比对到30k到100k区域的比对结果samtools view test.bamchr1:30000-100000 > test.chr1_30k-10...
Tablet还支持导入gff注释文件，以高亮显示特定区域。用户需准备基因组的fa文件、fai索引文件、bam文件及bai索引文件进行操作。Samtools是生物信息学领域的一款重要工具，由李恒开发，支持丰富的功能，包括比对数据可视化。其命令行工具samtools tview可直接查看BAM文件的可视化比对信息。该命令操作简单，只需在终端...
五.提取特定位置上的比对结果 # 提取bam文件中比对到chr1上的比对结果,并保存到sam文件格式 samtools view test.bam chr1 > test.chr1.sam # 线粒体 samtools view test.bam chrM > test.chrM.sam # 提取chr1上能比对到30k到100k区域的比对结果 ...
提取特定区域内的reads `samtools view -b input.bam chr1:1000-2000 > output.bam` 这个命令会选取chr1上1000到2000位置之间的reads。4. 将提取的reads输出到bam或fastq格式的文件中，例如：`samtools view -b input.bam chr1:1000-2000 > output.bam` `samtools fastq output.bam > output.fq`1/ 1 ...
这在进行特定基因或区域的覆盖度分析时非常有用。 samtools stats命令用于生成包含各种统计信息的文本文件,其中包括了覆盖度、GC含量、碱基分布等多种信息。用户可以通过这些统计信息全面了解样本的测序质量和覆盖度分布。 samtools view命令可以根据用户提供的条件来过滤测序数据,从而筛选出符合要求的样本。用户可以根据覆盖...