生成一个简单的vcf文件 samtools mpileup -vu test.sort.bam 如果有参考基因组的话 samtools mpileup -vuf genome.fasta test.sort.bam 10、dict 作用:建立参考基因组字典 用法: samtools dict test.sort.bam sequences.fa 11、cat 作用:连接多个bam文件(不做排序) Usage: samtools cat [-h header.sam] [-...
生成一个简单的vcf文件 samtools mpileup -vu test.sort.bam 如果有参考基因组的话 samtools mpileup -vuf genome.fasta test.sort.bam mpileup不使用-u或-g参数时,则不生成二进制的bcf文件,而生成一个文本文件(输出到标准输出)。该文本文件统计了参考序列中每个碱基位点的比对情况;该文件每一行代表了参考序列中...
结果: xubo@xubo:~/xubo/data/avocado/NA12878_snp_A2G_chr20$ samtools mpileup -uf Homo_sapiens_assembly19chr20.fasta NA12878_snp_A2G_chr20_225058_longer.sorted.bam | bcftools call -mv > NA12878_snp_A2G_chr20_225058_longer.raw.vcf Note: Neither --ploidy nor --ploidy-file given, assuming...
生成一个简单的vcf文件 samtools mpileup -vu test.sort.bam 如果有参考基因组的话 samtools mpileup -vuf genome.fasta test.sort.bam 10、dict 作用:建立参考基因组字典 用法: samtools dict test.sort.bam sequences.fa 11、fastq 作用:bam文件转换为fastq 用法: samtools fastq test.bam 12、fasta 作用:bam...
samtools mpileup -uf $BT2_HOME/example/reference/lambda_virus.fa eg2.sorted.bam | bcftools view -bvcg - eg2.raw.bcf Then to view the variants, run: bcftools view eg2.raw.bcf 】】】
28、astq格式 -d int min depth 3 -d int max depth 100000 -l int indel filter window size 5 -q int min rms mapping quality 10 mpileup example call snps and short indels for one diploid individual: samtools mpileup -uf ref.fa aln.bam | bcftools view -bvcg - var.raw.bcf usually add...
mpileup example Generate the consensus sequence: samtools mpileup -uf ref.fa aln.bam | bcftools view -cg - | vcfutils.pl vcf2fq > cns.fq Dump BAQ applied alignment for other SNP callers: samtools calmd -br aln.bam >aln.baq.bam Java版本——Picard 类似Samtools功能的Java版本 Samtools可以在...
《samtools、bedtools、fastxtoolkit.ppt》由会员分享,可在线阅读,更多相关《samtools、bedtools、fastxtoolkit.ppt(134页珍藏版)》请在人人文库网上搜索。 samtools、bedtools、fastx-toolkit,北京大学生命科学学院叶永鑫2011年5月23日星期一,outline,samtools操作sam/bam文件(mapping)的工具附加bcftools操作vcf/bcf文件(snp...
samtools mpileup -C50 -gf ref.fasta -r chr3:1,000-2,000 in1.bam in2.bam samtools flags PAIRED,UNMAP,MUNMAP samtools fastq input.bam > output.fastq samtools fasta input.bam > output.fasta samtools addreplacerg -r 'ID:fish' -r 'LB:1334' -r 'SM:alpha' -o output.bam input.bam ...
samtools mpileup -uf $BT2_HOME/example/reference/lambda_virus.fa eg2.sorted.bam | bcftools view -bvcg - eg2.raw.bcf Then to view the variants, run: bcftools view eg2.raw.bcf 】】】 来自:扶摇之上>《文章》