system"samtools mpileup -ugf TAIR10.fas map.sorted.bam | bcftools view-vcg-D100 ->snp.vcf" //snp位点 perl 语言 如果我们要获取全部的位点的信息,而不是仅仅snp位点,那么我们只需要把最后一行的-v去掉就可以了 system"samtools mpileup -ugf TAIR10.fas map.sorted.bam | bcftools view-cg-D100 ->snp...
对于含有过量mismatch的reads而言,它们mapping的质量如果被高估了的话,分析员可以考虑 给mpileup添加-C50。应用这个参数通常对BWA-short有所 帮助,对别的比对软件可能没有帮助。 个体是由
samtools fixmate in.namesorted.sam out.bam samtools mpileup -C50 -gf ref.fasta -r chr3:1,000-2,000 in1.bam in2.bam samtools flags PAIRED,UNMAP,MUNMAP samtools fastq input.bam > output.fastq samtools fasta input.bam > output.fasta samtools addreplacerg -r 'ID:fish' -r 'LB:1334' -...
mpileup example Generate the consensus sequence: samtools mpileup -uf ref.fa aln.bam | bcftools view -cg - | vcfutils.pl vcf2fq > cns.fq Dump BAQ applied alignment for other SNP callers: samtools calmd -br aln.bam >aln.baq.bam Java版本——Picard 类似Samtools功能的Java版本 Samtools可以在...
depth 3 -d int max depth 100000 -l int indel filter window size 5 -q int min rms mapping quality 10 mpileup example call snps and short indels for one diploid individual: samtools mpileup -uf ref.fa aln.bam | bcftools view -bvcg - var.raw.bcf usually add -c50 to mpileup if ...
samtoolsbedtoolsfastxtoolkit,北京大学生命科学学院叶永鑫2011年5月23日星期一,outline,samtools操作sambam文件mapping的工具附加bcftools操作vcfbcf文件snpindel,人人文库,
[100000] -l INT indel filter window size [5] -Q INT min RMS mapping quality [10] mpileup example Call SNPs and short indels for one diploid individual: samtools mpileup -uf ref.fa aln.bam | bcftools view -bvcg - var.raw.bcf usually add -C50 to mpileup if mapping quality is ...
samtools mpileup -C50 -gf ref.fasta -r chr3:1,000-2,000 in1.bam in2.bam merge 合并bam文件 samtools merge out.bam in1.bam in2.bam in3.bam tview 图形化的界面查看mapping的结果 ? -help g -到达指定的染色体区域 samtools tview aln.sorted.bam ref.fasta ...