可以在运行samtools mpileup的同时通过参数-f / --fasta-ref提供参考序列Fasta文件,这样得到的输出结果与不提供时很有一些差异。 samtools mpileup -r 1:632500-632505 --no-output-ends --ff UNMAP,QCFAIL,DUP example.bam# [mpileup] 1 samples in 1 input files# 1 632500 N 7 TTTTTTT FFFFFFF# 1 63...
$ samtools mpileup -f genome.fasta abc.bam > abc.txt $ samtools mpileup -gSDf genome.fasta abc.bam > abc.bcf $ samtools mpileup -guSDf genome.fasta abc.bam | \ bcftools view -cvNg - > abc.vcf mpileup不使用-u或-g参数时,则不生成二进制的bcf文件,而生成一个文本文件(输出到标准输出)。...
samtools mpileup -f genome.fasta example.bam > example.txt samtools mpileup -gSDf genome.fasta example.bam > example.bcf 该命令用于生成bcf文件,再使用bcftools进行SNP和Indel的分析。 mpileup不使用-u或-g参数时,不生成二进制的bcf文件,而生成一个文本文件,输出到标准输出。该文本文件统计了参考序列中每个碱...
根据varsan官网指导,运行命令如下: samtools mpileup -f [reference sequence] [BAM file] >myData.pileup 此步骤运行多次无结果 google之后,必须加上 -A, --count-orphans do not discard anomalous read pairs
samtools view -F 4 test.bam |awk '{print $6}'|grep '[IDNSHPX]'|head -5 2.Sort 对bam文件进行排序 基本用法: samtools sort -@ 10 -o test.bam test.sam -@ 设置排序和压缩是的线程数量,默认是单线程。-o 输出文件名 3.Merge 当有多个样本的bam文件时,可以使用samtools的merge命令将这些bam文...
-f:输入有索引文件的fasta参考序列 -F :含有间隔reads的最小片段 …… 用法: 生成一个简单的vcf文件 samtools mpileup -vu test.sort.bam 如果有参考基因组的话 samtools mpileup -vuf genome.fasta test.sort.bam 10、dict 作用:建立参考基因组字典 ...
samtools还有个非常重要的命令mpileup,以前为pileup。该命令用于生成bcf文件,再使用bcftools进行SNP和Indel的分析。bcftools是samtool中附带的软件,在samtools的安装文件夹中可以找到。 最常用的参数有2: -f 来输入有索引文件的fasta参考序列; -g 输出到bcf格式。用法和最简单的例子如下 ...
samtools还有个非常重要的命令mpileup，以前为pileup。该命令用于生成bcf文件，再使用bcftools进行SNP和Indel的分析。bcftools是samtool中附带的软件，在samtools的安装文件夹中可以找到。最常用的参数有2： -f 来输入有索引文件的fasta参考序列； -g 输出到bcf格式。用法和最简单的例子如下 Usage: samtools ...
-f来输入有索引文件的fasta参考序列; -g输出到bcf格式。用法和最简单的例子如下 Usage:samtoolsmpileup[-EBug][-CcapQcoef][-rreg][-fin.fa][-llist][-McapMapQ][-QminBaseQ][-qminMapQ]in.bam[in2.bam[...]] $samtoolsmpileup-fgenome.fastaabc.bam>abc.txt $samtoolsmpileup-gSDfgenome.fastaabc....
pileup命令意为“堆叠”，它能够在给定基因组区间内的每个碱基位置（column）上，将映射到该位置上的所有reads堆叠起来，以展示输入BAM文件在指定基因组区间内的每个碱基位置的总体信息。要开始使用samtools mpileup，首先需要设置基因组区间。可以通过-r/--region参数来指定。例如：请注意，samtools mpileup...