环境下使用samtools mpileup时返回文件的一行,也即对应着一个基因组位置。 举例来说,比如我运行这个.pileup()方法是指定了一个5bp长度的基因组区间,那么执行之后返回的迭代器对象就能够迭代5次,每次迭代得到一个对应一个基因组位置的PileColumn对象(实际情况是,还需要额外指定参数truncate = True,否则实际执行pileup...
samtools的覆盖度参数主要包括两个功能:depth和mpileup。depth参数用于计算每个位置的测序深度,即每个位置被测到的reads数量。通过depth参数,用户可以快速地了解整个测序数据中每个位置的覆盖情况,帮助用户评估数据的质量和可靠性。mpileup参数则是用来生成每个位置的碱基覆盖度信息,包括碱基种类、覆盖度、碱基质量等信息,帮助...
samtools的mpileup命令是一个samtools中一个很重要的命令。它的主要功能主要是生成BCF、VCF文件或者pileup一个或多个bam文件。比对记录以在@RG中的样本名作为区分标识符。如果样本标识符缺失,那么每一个输入文件则视为一个样本。 在pileup格式中(没有-u或者-g参数),每一行代表基因组的位置,由染色体名、1个碱基坐...
mpileup不使用-u或-g参数时，则不生成二进制的bcf文件，而生成一个文本文件(输出到标准输出)。该文本文件统计了参考序列中每个碱基位点的比对情况；该文件每一行代表了参考序列中某一个碱基位点的比对结果。比如：scaffold_1 2841 A 11 ,,,...,... BHIGDGIJ?FF scaffold_1 2842...
samtools mpileup -f genome.fasta example.bam > example.txt samtools mpileup -gSDf genome.fasta example.bam > example.bcf 该命令用于生成bcf文件,再使用bcftools进行SNP和Indel的分析。 mpileup不使用-u或-g参数时,不生成二进制的bcf文件,而生成一个文本文件,输出到标准输出。该文本文件统计了参考序列中每个碱...
mpileup的常用参数: Usage: samtools mpileup [options] in1.bam [in2.bam [...]] Input options: -6, --illumina1.3+ quality is in the Illumina-1.3+ encoding #碱基质量格式为Illumina 1.3+打分方式 -A, --count-orphans do not discard anomalous read pairs ...
最常用的参数有2: -f 来输入有索引文件的fasta参考序列; -g 输出到bcf格式。用法和最简单的例子如下 Usage: samtools mpileup [-EBug] [-CcapQcoef] [-rreg] [-fin.fa] [-llist] [-McapMapQ] [-QminBaseQ] [-qminMapQ]in.bam[in2.bam[...]] ...
最常用的参数有2: -f 来输入有索引文件的fasta参考序列; -g 输出到bcf格式。用法和最简单的例子如下 Usage: samtools mpileup [-EBug] [-C capQcoef] [-r reg] [-f in.fa] [-l list] [-M capMapQ] [-Q minBaseQ] [-q minMapQ] in.bam [in2.bam [...]] ...
Samtools mpileup –q 20 –d 8000 –ugo sample.bcf –f ref.fa sample.dedup.bam#variant calls 参数说明: -q, --min-MQ mapQ最小值,低于这个值则跳过; -d, --max-depth 最大覆盖深度; -g, --BCF 生成bcf格式文件; -o, --output FILE 输出文件; ...
很多变异检测算法如Clair3都使用了pileup的特征。下面我们介绍如何使用 Python 的 subprocess 模块调用 samtools mpileup,并通过标准输入输出通信将pileup 信息提取出来以构建特征,用于深度学习任务。更多关于samtools mpileup的参数以及输出格式可以参考官方文档。