下面是一个使用-r参数和-l参数生成vcf文件的实例: $ echo"SamtoolsMpileupByChr Begin: "`date`&&\ samtools mpileup \-l chr25Region.bed \-r7\-q1\-C50\-t
最常用的参数有2: -f 来输入有索引文件的fasta参考序列; -g 输出到bcf格式。用法和最简单的例子如下 Usage: samtools mpileup [-EBug] [-CcapQcoef] [-rreg] [-fin.fa] [-llist] [-McapMapQ] [-QminBaseQ] [-qminMapQ]in.bam[in2.bam[...]] $ samtools mpileup -f genome.fasta abc.bam >...
samtools mpileup 命令只有用了-g或者-u那么就只会输出bcf文件 如果想得到mpileup格式的数据,就只能用-f参数。 bcftools doesn't work on pileup format data. It works on bcf/vcf files. samtools provides a script called sam2vcf.pl, which works on the output of "samtools pileup". However, this c...
mpileup命令参数和结果详解 mpileup是samtools的一个命令,用来生存bcf文件,然后再用bcftools进行SNP和Indel的分析。另外,bcftools是samtools的附带软件。...-E, --redo-BAQ recalculate BAQ on the fly, ignore existing BQs -f, --fasta-ref FILE faidx...faidx对参考序列建index.fai文件,其他软件也可以 -g输出...
samtools mpileup -uf $BT2_HOME/example/reference/lambda_virus.fa eg2.sorted.bam | bcftools view -bvcg - eg2.raw.bcf Then to view the variants, run: bcftools view eg2.raw.bcf 】】】
即第一列 NAME : 序列名 第二列 LENGTH: 序列的长度, 单位为bp 第三列 OFFSET : 第一个碱基的偏移量, 从0开始计数,换行符也统计进行 第四列 LINEBASES : 行的碱基数, 单位为bp; 第五列 LINEWIDTH : 行宽
最常用的参数有2: -f 来输入有索引文件的fasta参考序列; -g 输出到bcf格式。用法和最简单的例子如下 Usage: samtools mpileup [-EBug] [-CcapQcoef] [-rreg] [-fin.fa] [-llist] [-McapMapQ] [-QminBaseQ] [-qminMapQ]in.bam[in2.bam[...]]$ samtools mpileup -f genome.fasta abc.bam >...
$ samtools mpileup -f genome.fasta abc.bam > abc.txt$ samtools mpileup -gSDf genome.fasta abc.bam > abc.bcf $ samtools mpileup -guSDf genome.fasta abc.bam | \ bcftools view -cvNg - > abc.vcf mpileup不使用-u或-g参数时,则不生成二进制的bcf文件,而生成一个文本文件(输出到标准输出)。该...
最常用的参数有2: -f 来输入有索引文件的fasta参考序列; -g 输出到bcf格式。用法和最简单的例子如下 Usage: samtools mpileup [-EBug] [-C capQcoef] [-r reg] [-f in.fa] [-l list] [-M capMapQ] [-Q minBaseQ] [-q minMapQ] in.bam [in2.bam [...]] ...