下面是一个使用-r参数和-l参数生成vcf文件的实例: $ echo"SamtoolsMpileupByChr Begin: "`date`&&\ samtools mpileup \-l chr25Region.bed \-r7\-q1\-C50\-t
samtools mpileup -uf $BT2_HOME/example/reference/lambda_virus.fa eg2.sorted.bam | bcftools view -bvcg - eg2.raw.bcf Then to view the variants, run: bcftools view eg2.raw.bcf 】】】
可以说是 比已经慢的发指的gatk流程还磨人!...samtools加bcftools流程 代码如下: grep H3F3A ~/reference/gtf/gencode/protein_coding.hg19.position # samtools...samtools mpileup -r chr1:226249552-226259702 -ugf ~/reference/genome/hg19/hg19.fa *sorted.bam | bcftools...
samtools and bwa参数例子 上传者:jjjjjjjsss时间:2013-03-11 samtools:用于处理下一代测序数据的工具(使用htslib用C语言编写) samtools 这是samtools的官方开发资料库。 原始的samtools软件包已分为三个独立但紧密协调的项目: :处理高通量测序数据的C库 samtools:用于处理SAM,BAM,CRAM的mpileup和其他工具 :用于处理VC...
samtools samtools 用法 samtools [options] command 见以下列表, 每个 command 的 options 也不同 dict faidx index calmd fixmate reheader rmdup targetcut addreplacerg collate cat merge mpileup # sort split quickcheck fastq fasta bedcov depth flagstat idxstats phaseHow To Use...
$ samtools mpileup -f genome.fasta abc.bam > abc.txt$ samtools mpileup -gSDf genome.fasta abc.bam > abc.bcf $ samtools mpileup -guSDf genome.fasta abc.bam | \ bcftools view -cvNg - > abc.vcf mpileup不使用-u或-g参数时,则不生成二进制的bcf文件,而生成一个文本文件(输出到标准输出)。该...
最常用的参数有2: -f 来输入有索引文件的fasta参考序列; -g 输出到bcf格式。用法和最简单的例子如下 Usage: samtools mpileup [-EBug] [-C capQcoef] [-r reg] [-f in.fa] [-l list] [-M capMapQ] [-Q minBaseQ] [-q minMapQ] in.bam [in2.bam [...]] ...
$ samtools mpileup -f genome.fasta abc.bam > abc.txt$ samtools mpileup -gSDf genome.fasta abc.bam > abc.bcf $ samtools mpileup -guSDf genome.fasta abc.bam | \ bcftools view -cvNg - > abc.vcf mpileup不使用-u或-g参数时,则不生成二进制的bcf文件,而生成一个文本文件(输出到标准输出)。该...
最常用的参数有2: -f 来输入有索引文件的fasta参考序列; -g 输出到bcf格式。用法和最简单的例子如下 Usage: samtools mpileup [-EBug] [-CcapQcoef] [-rreg] [-fin.fa] [-llist] [-McapMapQ] [-QminBaseQ] [-qminMapQ]in.bam[in2.bam[...]] ...