Usage: samtools mpileup [-EBug] [-CcapQcoef] [-rreg] [-fin.fa] [-llist] [-McapMapQ] [-QminBaseQ] [-qminMapQ]in.bam[in2.bam[...]] $ samtools mpileup -f genome.fasta abc.bam > abc.txt $ samtools mpileup -gSDf genome.fasta abc.bam > abc.bcf $ samtools mpileup -guSDf ge...
-l:设置read长度阈值 -d/-m:最大覆盖深度 -q:碱基质量阈值 -Q:比对质量阈值 samtools depth -a -r 3 test.sort.bam 结果是tab分割的三列 第一列:染色体名称 第二列:碱基位置 第三列:测序深度 9、mpileup 作用:对参考基因组每个位点做碱基堆积,用于call SNP和INDEL。主要是生成BCF、VCF文件或者pileup一...
同时，samtools mpileup命令能够正确识别并忽略reads开头被soft clip的一个碱基。此外，你还可以通过-l/--positions参数接BED文件来指定基因组区间，如果同时使用了-r和-l，那么最终生效的区间是两者交集。在使用samtools mpileup时，还可以设置过滤条件以筛选alignment。例如，可以设置最低的Mapping Quality阈值...
mpileup不使用-u或-g参数时，则不生成二进制的bcf文件，而生成一个文本文件(输出到标准输出)。该文本文件统计了参考序列中每个碱基位点的比对情况；该文件每一行代表了参考序列中某一个碱基位点的比对结果。比如：scaffold_1 2841 A 11 ,,,...,... BHIGDGIJ?FF scaffold_1 2842...
用法和最简单的例子如下 Usage: samtools mpileup [-EBug] [-CcapQcoef] [-rreg] [-fin.fa] [-llist] [-McapMapQ] [-QminBaseQ] [-qminMapQ]in.bam[in2.bam[...]] $ samtools mpileup -f genome.fasta abc.bam > abc.txt $ samtools mpileup -gSDf genome.fasta abc.bam > abc.bcf...
Usage:samtoolsmpileup[-EBug][-CcapQcoef][-rreg][-fin.fa][-llist][-McapMapQ][-QminBaseQ][-qminMapQ]in.bam[in2.bam[...]] $samtoolsmpileup-fgenome.fastaabc.bam>abc.txt $samtoolsmpileup-gSDfgenome.fastaabc.bam>abc.bcf $samtoolsmpileup-guSDfgenome.fastaabc.bam|\bcftoolsview-cvNg->abc...
mpileup 是samtools中call snp的工具。-P 指platform, 现在短reads测序一般是ILLUMINA。-f 后跟参考序列，序列文件必须提前建好index。-E， Extended BAQ（base alignment quality） computation, 如果有的话，会提高检测出MNPs的灵敏度，当然会轻微的减下特异度。-g Compute genotype likelihoods and output...
7、 output to stdout -l int compression level, from 0 to 9 -1 - int number of sorting and compression threads 1 -m int max memory per thread; suffix k/m/g recognized 768m ./samtools mpileup usage: samtools mpileup options in1.bam in2.bam . input options: -6 assume the quality is...
samtools还有个非常重要的命令mpileup,以前为pileup。该命令用于生成bcf文件,再使用bcftools进行SNP和Indel的分析。bcftools是samtool中附带的软件,在samtools的安装文件夹中可以找到。 用法: Usage: samtools mpileup [-EBug] [-C capQcoef] [-r reg] [-f in.fa] [-l list] [-M capMapQ] [-Q minBaseQ...
mpileup命令在VCF/BCF中现将不可见的等位基因输出为<*>,替换掉了之前的X或,–output-tags注释加上了AD, ADF, ADR, INFO/AD, INFO/ADF, INFO/ADR,取代了之前的DV, DP4, DPR。 mpileup现在在每个碱基位置采用BAQ计算,忽略了之前的-l 和 -r选项。