-u 输出bam文件不进行压缩。。必须有-b参数 -c 输出比对上的数 -f 输出含有所有flag都reads -F 输出没有flag的reads。。数字4代表改reads没有比对上,数字8表示mate序列没有比对上 -q 比对的最低质量值。。一般20就可以 例子: 1⃣️ sam文件转位bam文件:samtools view -bS file.sam > file.bam bam转...
-u 输出bam文件不进行压缩。。必须有-b参数 -c 输出比对上的数 -f 输出含有所有flag都reads -F 输出没有flag的reads。。数字4代表改reads没有比对上,数字8表示mate序列没有比对上 -q 比对的最低质量值。。一般20就可以 例子: 1⃣️ sam文件转位bam文件:samtools view -bS file.sam > file.bam bam转...
-I –skip-indel 不检测INDEL。 -m –min-ireads INT 候选INDEL的最小间隔的reads。 下面是一个使用-r参数和-l参数生成vcf文件的实例: mpileup不使用-u或-g参数时,则不生成二进制的bcf文件,而生成一个文本文件(输出到标准输出)。该文本文件统计了参考序列中每个碱基位点的比对情况;该文件每一行代表了参考序列...
融合后的文件不需要则是已经sort过了的。 Usage: samtools merge [-nr] [-h inh.sam] <out.bam> <in1.bam> <in2.bam>[...]Options: -n sort by read names-r attach RG tag (inferred from file names)-u uncompressed BAM output-f overwrite the output BAM if exist-1 compress level 1-R ...
mpileup不使用-u或-g参数时,则不生成二进制的bcf文件,而生成一个文本文件(输出到标准输出)。该文本文件统计了参考序列中每个碱基位点的比对情况;该文件每一行代表了参考序列中某一个碱基位点的比对结果。比如: (8)faidx 对fasta文件建立索引,比如基因组的文件,生成的索引文件以.fai后缀结尾。该命令也能依据索引文件...
-u uncompressed BAM output (force -b) 该参数的使用需要有-b参数,能节约时间,但是需要更多磁盘空间。 -c Instead of printing the alignments, only count them and print the total number. All filter options, such as ‘-f’, ‘-F’ and ‘-q’ , ...
-u:去除重复行 -r:反向排序 -n:数值排序从小到大 -t:指定分段的符号 -k:指定的第几个段 -b:忽略所有空白行 [root@station141 ~]# sort Andy.txt1223456accp benet I'm sorry, Mr. Three pineapple Two watermelon Water on the refrigerator
[-1 nGroup1] [-d minFrac] [-U nPerm] [-X permThres] [-T trioType] in.bcf [region] $ bcftools view -cvNg abc.bcf > snp_indel.vcf 生成的结果文件为vcf格式,有10列,分别是:1 参考序列名;2 varianti所在的left-most位置;3 variant的ID(默认未设置,用’.'表示);4 参考序列的allele;5...
-u, --uri STR URI [file:///abs/path/to/file.fa] 对基因组文件建立一个序列字典文件 $samtools dict -o hg19.dict hg19.fa $cat hg19.dict @HD VN:1.0 SO:unsorted @SQ SN:chr1 LN:249250621 M5:1b22b98cdeb4a9304cb5d48026a85128 UR:file:///data/ck/samtool/fasta/hg19.fa ...
常规索引,多用于oltp系统,快速定位行,应建立于高cardinality列(即列的唯一值除以行数为一个很大的值,存在很少的相同值)。 (2)反向索引。B*Tree的衍生产物,应用于特殊场合,在ops环境加序列增加的列上建立,不适合做区域扫描。 (3)降序索引。B*Tree的衍生产物,应用于有降序排列的搜索语句中,索引中储存了降序排列...