faidx: 建立FASTA索引,提取部分序列 tview: 文本格式查看序列 pileup: 产生基于位置的结果和 consensus/indel calling 3.最常用的三板斧就是格式转换,排序,索引 转换:samtools view -S SRR3589912.sam-b > SRR3589912.bam(-S是最新版的samtools为了兼容以前的版本写的) 排序:samtools sort SRR3589912.bam-o...
根据fasta文件,将 header 加入到 sam 或 bam 文件中 $ samtools view -T genome.fasta -h scaffold1.sam > scaffold1.h.sam 2. sort sort对bam文件进行排序。 Usage: samtools sort [-n] [-m <maxMem>] <in.bam> <out.prefix> -m 参数默认下是 500,000,000 即500M(不支持K,M,G等缩写)。对于...
对fasta文件建立索引,生成的索引文件以.fai后缀结尾。该命令也能依据索引文件快速提取fasta文件中的某一条(子)序列 Usage: samtools faidx <in.bam> [ [...]] 对基因组文件建立索引 $ samtools faidx genome.fasta 生成了索引文件genome.fasta.fai,是一个文本文件,分成了5列。第一列是子序列的名称; 第二列...
view: BAM-SAM/SAM-BAM 转换和提取部分⽐对 sort: ⽐对排序 merge: 聚合多个排序⽐对 index: 索引排序⽐对 faidx: 建⽴FASTA索引，提取部分序列 tview: ⽂本格式查看序列 pileup: 产⽣基于位置的结果和 consensus/indel calling 3.最常⽤的三板斧就是格式转换，排序，索引 转换：samtools view -...
根据fasta文件,将 header 加入到 sam 或 bam 文件中 samtools view -T genome.fasta -h scaffold1.sam > scaffold1.h.sam 2.Sort sort对bam文件进行排序。一些软件需要sort的bam或者sam文件,如stringtie,所以必须要sort使用;求depth时,也必须要sort; Usage: samtools sort [-n] [-m <maxMem>] <in.bam>...
根据fasta文件,将 header 加入到 sam 或 bam 文件中 $ samtools view -T genome.fasta -h scaffold1.sam > scaffold1.h.sam 2. sort sort对bam文件进行排序。 Usage: samtools sort [-n] [-m <maxMem>] <in.bam> <out.prefix> -m 参数默认下是 500,000,000 即500M(不支持K,M,G等缩写)。对于...
consensus.1.gz /usr/share/man/man1/samtools-coverage.1.gz /usr/share/man/man1/samtools-cram-size.1.gz /usr/share/man/man1/samtools-depad.1.gz /usr/share/man/man1/samtools-depth.1.gz /usr/share/man/man1/samtools-dict.1.gz /usr/share/man/man1/samtools-faidx.1.gz /usr/share/...
time $bcf mpileup ${precallbam} --fasta-ref ${reference} | $bcf call -mv -o ./out/bcfcall.vcf && echo " ** bcf snp calling done **" 在进行SNP calling 时,必须选择一种算法,有两种calling算法可供选择,分别对应-c和-m参数。-c参数对应consensus-caller算法,-m参数对应multiallelic-caller算法...
1、samtools、bedtools、 fastx-toolkit 北京大学 生命科学学院 叶永鑫 2011年5月23日 星期一 outline samtools 操作sam/bam文件(mapping)的工具 附加bcftools 操作vcf/bcf文件(snp/indel calling)的工具 bedtools 操作bed文件(block feature annotation)的工具 fastx-toolkit 操作fasta/fastq文件的工具 samtools sam...
Consensus--mark-insoption. This permits he consensus output to include a markup indicating the next base is an insertion. This is necessary as we need a way of outputting both consensus and also how that consensus marries up with the reference coordinates. (PR#1746) ...