5.echo$PATH#查看已加入PATH中的路径(shell将到哪些目录中寻找命令或程序,PATH的值是一系列目录,当您运行一个程序时,Linux在这些目录下进行搜寻编译链接)然后1)可以把软件链接到已有路径下 2)把软件路径加入$PATH6.这里,把软件链接到已有$PATH下的路径,ln-s /opt/bin/olympus_tools/sambamba/sambamba /usr/loca...
sambamba:比对结果去重软件软件链接: https://github.com/biod/sambamba/releases去该链接下载你所需要的版本,以sambamba 0.8.1为例 #建个文件夹 mkdir sambamba.0.8.1 #将刚才下载的包移入刚才建好的文件夹下 m…
debian-ports-pool-loong64-main-s-sambamba安装包是阿里云官方提供的开源镜像免费下载服务,每天下载量过亿,阿里巴巴开源镜像站为包含debian-ports-pool-loong64-main-s-sambamba安装包的几百个操作系统镜像和依赖包镜像进行免费CDN加速,更新频率高、稳定安全。
使用sambamba操作bam文件和去除重复,该命令运行比picard MarkDuplicates快30倍。 安装 # conda (高效版)#codna create -n wes #先创建小环境,如果已经创建,可以忽略conda activate wes conda install-y sambamba# 预编译的二进制版安装(简单版)wget-c https://github.com/biod/sambamba/releases/download/v1.0.1...
sambamba有两种安装方式: 1.下载源码文件后编译 wget-c https://github.com/biod/sambamba/archive/v0.6.9.tar.gz tar-zxvf sambamba-0.6.9.tar.gz cd sambambamake 这个时候可能会报错 which: no ldmd2 in (***) python3 ./gen_ldc_version_info.py > utils/ldc_version_info_.d ...
这是因为没有安装ldc这个库,那么就先来安装ldc这个库wget -c https://github.com/ldc-developers/ldc/releases/download/v1.15.0-beta2/ldc2-1.15.0-beta2-linux-x86_64.tar.xz tar -Jxvf ldc2-1.15.0-beta2-linux-x86_64.tar.xz cd ldc2-1.15.0-beta2-linux-x86_64/lib echo "export PATH=`...