[root@localhost ~]#conda create -n py27 python=2.7 003、进入python2.7环境 [root@localhost ~]#conda activate py27 004、利用conda安装sambamba软件 (py27) [root@localhost ~]#conda install -c bioconda sambamba 005、测试安装效果 (py27) [root@localhost ~]#sambambasambamba0.6.6Usage: sambamba [comman...
使用conda 安装 conda install -c bioconda sambamba /opt/miniconda3/bin/sambamba 安装日期:23/12/25 安装版本:1.0.0 源码安装 从https://github.com/biod/sambamba/releases/tag/v1.0.1下载安装包。 wget -c https://github.com/biod/sambamba/archive/refs/tags/v1.0.1.tar.gz tar -zxvf sambamba-1.0...
使用conda 安装 conda install -c bioconda sambamba /opt/miniconda3/bin/sambamba 安装日期:23/12/25 安装版本:1.0.0 源码安装 从https://github.com/biod/sambamba/releases/tag/v1.0.1 下载安装包。 wget -c https://github.com/biod/sambamba/archive/refs/tags/v1.0.1.tar.gz tar -zxvf sambamba-1...
序列比对前的质控仅仅保证了每一条序列的质量符合我们的要求,比对到基因组之后,对于一些未比对上的序列,重复序列,比对到基因组多个位置的序列,我们仍然需要进一步过滤。sambamba可以快速有效的实现比对后sam/bam文件的过滤。 软件安装 推荐使用conda安装 conda install -c bioconda sambamba 或者从码源https://github.com...
Sambamba是一个高性能,高度并行,健壮和快速的工具(和库),用D编程语言编写,用于处理SAM和BAM文件。与samtools相比,其优势在于并行BAM读和写。 conda安装conda install sambamba -y # github: https://github…
conda安装 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释 #codna create -n wes #先创建小环境,如果已经创建,可以忽略 conda activate wes conda install -y sambamba 预编译的二进制版安装 sambamba同时提供预编译好的二进制版安装包,下载解压,可直接运行,也非常方便。 代码语言:javascript 代码运行次数:...
安装 # conda (高效版)#codna create -n wes #先创建小环境,如果已经创建,可以忽略conda activate wes conda install-y sambamba# 预编译的二进制版安装(简单版)wget-c https://github.com/biod/sambamba/releases/download/v1.0.1/sambamba-1.0.1-linux-amd64-static.gz##解压到指定文件夹gunzip-c sambamb...
samtools报错现在samtools的版本已经在1.9以上了,但是conda安装的samtools版本依然是1.7,这是出现问题的根本原因。 解决办法:https://g...
# 安装指控软件fastp$ conda install fastp# 检查是否安装成功$ fastp--help## usage: fastp [options] ...## options:## -i, --in1 read1 input file name (string [=])## -o, --out1 read1 output file name (string [=])## -I, --in2 read2 input file name (string [=])## -O,...
推荐使用conda安装 conda install -c bioconda sambamba 或者从码源https://github.com/biod/sambamba/releases下载安装 SAM文件说明 比对得到的sam文件格式如下 前两行是头文件,从第三行开始是比对结果,除了第12列可选域之外,每一列说明如下 反应比对质量的信息在第二列FLAG和第六列CIGAR,FLAG用数字表示比对的情况...