安装 # conda (高效版)#codna create -n wes #先创建小环境,如果已经创建,可以忽略conda activate wes conda install-y sambamba# 预编译的二进制版安装(简单版)wget-c https://github.com/biod/sambamba/releases/download/v1.0.1/sambamba-1.0.1-linux-amd64-static.gz##解压到指定文件夹gunzip-c sambamb...
001、系统 [root@localhost ~]#cat /etc/redhat-releaseCentOS Linux release7.9.2009(Core) 002、创建python2.7环境 [root@localhost ~]#conda create -n py27 python=2.7 003、进入python2.7环境 [root@localhost ~]#conda activate py27 004、利用conda安装sambamba软件 (py27) [root@localhost ~]#conda instal...
这是因为没有安装ldc这个库,那么就先来安装ldc这个库 wget -c https://github.com/ldc-developers/ldc/releases/download/v1.15.0-beta2/ldc2-1.15.0-beta2-linux-x86_64.tar.xz tar -Jxvf ldc2-1.15.0-beta2-linux-x86_64.tar.xz cd ldc2-1.15.0-beta2-linux-x86_64/lib echo "export PATH=`p...
sambamba-快速安装 叶子 光1 人赞同了该文章 sambamba:比对结果去重软件 软件链接:github.com/biod/sambamb 去该链接下载你所需要的版本,以sambamba 0.8.1为例#建个文件夹 mkdir sambamba.0.8.1 #将刚才下载的包移入刚才建好的文件夹下 mv sambamba-0.8.1-linux-amd64-static.gz sambamba.0.8.1 #对该文件夹...
5.echo$PATH#查看已加入PATH中的路径(shell将到哪些目录中寻找命令或程序,PATH的值是一系列目录,当您运行一个程序时,Linux在这些目录下进行搜寻编译链接)然后1)可以把软件链接到已有路径下 2)把软件路径加入$PATH6.这里,把软件链接到已有$PATH下的路径,ln-s /opt/bin/olympus_tools/sambamba/sambamba /usr/loca...
export LIBRARY_PATH=/app/sambamba-1.0.1/ldc2-1.35.0-linux-x86_64/lib 再安装 sambamba make cd bin echo "export PATH=`pwd`:$PATH" >>~/.bashrc source ~/.bashrc 或者直接使用预编译版本 wget https://github.com/biod/sambamba/releases/download/v1.0.1/sambamba-1.0.1-linux-amd64-static.gz...
export LIBRARY_PATH=/app/sambamba-1.0.1/ldc2-1.35.0-linux-x86_64/lib 再安装 sambamba make cd bin echo "export PATH=`pwd`:$PATH" >>~/.bashrc source ~/.bashrc 或者直接使用预编译版本 wget https://github.com/biod/sambamba/releases/download/v1.0.1/sambamba-1.0.1-linux-amd64-static.gz...
一、安装 1.1 方法1 下载地址:https://github.com/biod/sambamba/releases cd /data/software gunzip sambamba-0.8.2-linux-amd64-static.gz mkdir bin mv sambamba-0.8.2-linux-amd64-static sambamba chmod a+x sambamba sudo vi /etc/profile
gunzip-c sambamba-1.0.1-linux-amd64-static.gz>~/software/bin/sambamba-1.0.1##给文件添加可执行权限 chmod+x sambamba-1.0.1## 检查是否安装成功./sambamba-1.0.1--help 5子命令用法及参数 sambamba 最经常用到的功能应该就是标记重复 markdup — 标记去重 ...
conda安装 conda install sambamba -y# github: https://github.com/biod/sambamba 基本用法 # 创建.bai indexsamtools index sample.bam# 计算窗口reads数和平均覆盖度sambamba depth window -w1000sample.sorted.bam > /path/sample.bam_read_depths.txt ...