不需要编译,下载完成后直接使用: wget https://github.com/biod/sambamba/releases/download/v0.8.2/sambamba-0.8.2-linux-amd64-static.gz gunzip sambamba-0.8.2-linux-amd64-static.gz mv sambamba-0.8.2-linux-amd64-static sambamba ./sambamba --help #检查是否可运行 echo "export PATH=`pwd`:$PATH...
使用sambamba操作bam文件和去除重复,该命令运行比picard MarkDuplicates快30倍。 安装 # conda (高效版)#codna create -n wes #先创建小环境,如果已经创建,可以忽略conda activate wes conda install-y sambamba# 预编译的二进制版安装(简单版)wget-c https://github.com/biod/sambamba/releases/download/v1.0.1...
004、利用conda安装sambamba软件 (py27) [root@localhost ~]#conda install -c bioconda sambamba 005、测试安装效果 (py27) [root@localhost ~]#sambambasambamba0.6.6Usage: sambamba [command] [args...] Available commands:'view','index','merge','sort','flagstat','slice','markdup','depth','mpileup...
sambamba:比对结果去重软件软件链接: https://github.com/biod/sambamba/releases去该链接下载你所需要的版本,以sambamba 0.8.1为例 #建个文件夹 mkdir sambamba.0.8.1 #将刚才下载的包移入刚才建好的文件夹下 m…
7.测试输入 sambamba ,已经OK 补充 给$PATH新添目录路径时如果认为常用,则在~/.bashrc加入,软件冷门则在调用该软件脚本中加入,都是exportPATH=$PATH:$softwaredir
sambamba的安装 灵动的小猪关注赞赏支持sambamba的安装 灵动的小猪关注IP属地: 广东 0.2172019.03.24 22:09:41字数44阅读5,023 下载文件wget -c https://github.com/biod/sambamba/archive/v0.6.9.tar.gz tar -zxvf sambamba-0.6.9.tar.gz cd sambamba make 这个时候可能会报错...