更准确地说,野生型和突变型结构各生成50(自行设置)个模型,最准确的ddG取为top-3-scoring野生型结构的均值与top-3-scoring 点突变结构之差。 ddg=突变体能量-野生型能量,遵循值负值越大,突变体蛋白越稳定。 方法概述 ddg_monomer使用时分为1)高分辨模式 2)低分辨模式 两种模式几乎一样准确,在一组 1210 个突...
预测突变体是否稳定的软件有很多种[1],包括CUPSAT、Dmutant、FoldX、I-Mutant、Eris [2]、Rosetta ddg_monomer[3]等。最近有研究者对这些方法的预测准确率进行了比较,发现Rosetta ddg_monomer,FoldX等的准确率要高于其他的软件[4]。 ddg_monomer已经成功的应用于包括柠檬烯环氧化物水解酶、卤代烷烃脱卤酶在内的...
预测突变体是否稳定的软件有很多种[1],包括CUPSAT、Dmutant、FoldX、I-Mutant、Eris[2]、Rosetta ddg_monomer [3]等。最近有研究者对这些方法的预测准确率进行了比较,发现Rosetta ddg_monomer,FoldX等的准确率要高于其他的软件[4]。 ddg_monomer已经成功的应...
执行ddg_monomer程序 /public/panxiao/tools/Rosetta_3.10/rosetta_bin_linux_2018.33.60351_bundle/main/source/bin/ddg_monomer.mpi.linuxgccrelease -in:file:s min_cst_0.5.2ocjA_A_0001.pdb @flags 这里的flag文件需要自己整理获得,主要内容如下: -ddg:weight_file soft_rep_design #打分程序 -ddg::itera...
使用工具:RosettaDesign家的ddg_monomer 使用目的:点突变,计算结构能量的稳定情况 看懂命令:有后缀.linuxgccrelease的,可以直接输入路径以及这个名称,就直接执行了的意思,后面只要加个空格,就可以补充自己需要的修改操作 # 流程 ## 简介 原理:我细细看了视频之后再来解释。
Cartesian_ddG是一种新的采样方法,与ddg_monomer不同,对于骨架柔性的计算并不需要大量重复的强限制约束,而是采取了卡迪尔空间的优化来允许小幅度的骨架运动。在计算∆∆G时,Cartesian_ddG方法使用两步Relax的方法,预先使用FastRelax进行优化,确定野生型以及点突变氨基酸最佳的侧链排布方式,再使用卡迪尔空间版本的FastRel...
通过大量测试结果表明,Rosetta Flex ddG模块在预测Small-to-large mutation组、Multiple mutations, none to alanine组、Single mutation to alanine组以及Antibodies组具较ddG monomer有更优的预测结果。 因此Flex Ddg适用于以下场景: 适合应用于复合物界面上的丙氨酸扫描, 确定热点残基 ...
通过大量测试结果表明,Rosetta Flex ddG模块在预测Small-to-large mutation组、Multiple mutations, none to alanine组、Single mutation to alanine组以及Antibodies组均较ddG monomer有更优的预测结果。 因此Flex Ddg适用于以下场景: 适合应用于复合物界面上的...
该方案利用Backrub采样118 创建构象组合,然后重新打包侧链,最小化扭转,并通过组合平均计算蛋白质-蛋白质相互作用 ΔΔG 的变化。在 1,240 个界面突变体上,FlexDDG 的表现优于早期的 ddg_monomer 应用程序,后者是用来预测突变后稳定性的变化,而不是界面。
而Mutfile目前兼容:ddg_monomer以及Cartesian_ddG这两个应用。 Mutfile与Resfile的作用效果是不同的: 在控制采样的逻辑方面方面,Mutfile是写死的格式,比如我想让51号Leu突变Ala,我就必须明确写明该位点的氨基酸如何进行突变(详见section3)。而Resfile可以指定氨基酸的突变方向,比如我可以让51号Leu突变成非极性氨基酸(...