更准确地说,野生型和突变型结构各生成50(自行设置)个模型,最准确的ddG取为top-3-scoring野生型结构的均值与top-3-scoring 点突变结构之差。 ddg=突变体能量-野生型能量,遵循值负值越大,突变体蛋白越稳定。 方法概述 ddg_monomer使用时分为1)高分辨模式 2)低分辨模式 两种模式几乎一样准确,在一组 1210 个突...
预测突变体是否稳定的软件有很多种[1],包括CUPSAT、Dmutant、FoldX、I-Mutant、Eris [2]、Rosetta ddg_monomer[3]等。最近有研究者对这些方法的预测准确率进行了比较,发现Rosetta ddg_monomer,FoldX等的准确率要高于其他的软件[4]。 ddg_monomer已经成功的应用于包括柠檬烯环氧化物水解酶、卤代烷烃脱卤酶在内的...
预测突变体是否稳定的软件有很多种[1],包括CUPSAT、Dmutant、FoldX、I-Mutant、Eris[2]、Rosetta ddg_monomer [3]等。最近有研究者对这些方法的预测准确率进行了比较,发现Rosetta ddg_monomer,FoldX等的准确率要高于其他的软件[4]。 ddg_monomer已经成功的应...
输入:`~/usr/local~/main/source/bin/ddg_monomer.linuxgccrelease -in:file:s gt11.pdb -ddg::mut_file i117a.mutfile -ddg:weight_file soft_rep_design -database ~/usr/local~/main/database/ -fa_max_dis 9.0 -ddg:minimization_scorefunction talaris2013 -ddg::iterations 50 -ddg::dump_pdbs ...