首先可以查看Rosetta提供的用户指南,查看这个链接Documentation for ddg_monomer application,或参考文献[3]。 其次就是加入到我们BioEngX的大家庭,与其他同行交流讨论。感兴趣的小伙伴可以添加管理员微信号bioengxadmin,加入到BioEngX-分子动力学模拟 讨论群中。 Reference [1] Khan S, Vihinen M. Performance of ...
2.能量最小化 ddg_monomer输入的晶体数据必须进行能量最小化操作: mpirun -np 6 PATH to Rosetta/main/source/bin/minimize_with_cst.mpi.linuxgccrelease -in:file:s 4NEC_A.pdb -in:file:fullaton -ignore_unrecognized_res -fa_max_dis 9.0 -database PATH to Rosetta/main/database -ddg::harmonic_...
预测突变体是否稳定的软件有很多种[1],包括CUPSAT、Dmutant、FoldX、I-Mutant、Eris[2]、Rosetta ddg_monomer [3]等。最近有研究者对这些方法的预测准确率进行了比较,发现Rosetta ddg_monomer,FoldX等的准确率要高于其他的软件[4]。 ddg_monomer已经成功的应...
all_util_monomer_batch36_msd.py utils for training, including feature building, loss computation and others. System_Requirements 1. Hardware requirements Only a standard computer with enough RAM to support the in-memory operations is required. 2. Software requirements OS requirements The codes are ...
FoldX以及ddg_monomer application已经久经实战考验。今天我们就来说说Rosetta新一代的预测方法: Cartesian_ddG。 1 Cartesian_ddG方法概述 Cartesian_ddG是一种新的采样方法,与ddg_monomer不同,对于骨架柔性的计算并不需要大量重复的强限制约束,而是采取了卡迪尔空间的优化来允许小幅度的骨架运动。 在计算∆∆G时,...