Rosetta 提供了用于对PDB结构进行能量最小化的程序,其执行命令为: /path/to/minimize_with_cst.linuxgccrelease -in:file:l lst -in:file:fullatom -ignore_unrecognized_res -fa_max_dis 9.0 -database /path/to/rosetta_database/ -ddg::harmonic_ca_tether 0.5 -score:weights standard -ddg::constraint_...
-ddg::mut_file ./4NEC.mutfile #突变文件 -database /PATH to Rosetta/main/database -ignore_unrecognized_res #如果输入 PDB 文件中有 Rosetta 无法识别的残留物,忽略而不是退出并显示错误消息 -ddg:local_opt_only true #局部优化将侧链优化限制为仅突变的 8 A 邻域 -ddg:min_cst true #最小约束 -...
Rosetta提供了用于对PDB结构进行能量最小化的程序,其执行命令为: /path/to/minimize_with_cst.linuxgccrelease-in:file:l lst -in:file:fullatom-ignore_unrecognized_res -fa_max_dis 9.0 -database /path/to/rosetta_database/-ddg::harmonic_ca_tether...
输入:还没有成功。因为我的③④步没有正常运行,所以我在RosettaCommons里看了方案,有人说可以直接把constraint的命令去掉,这样会默认还没有执行,应用可能会自己生成,正在试,也就是把上面的`-constraints::cst_file input.cst`去掉,再试一下