-ddg::iterations 50 #50次 -ddg:dump_pdbs true #为结构写出 PDB 文件,一个用于野生型,一个用于每次迭代的点突变 -ddg::mut_file ./2ocjA_test.mutfile #突变文件 -database /public/panxiao/tools/Rosetta_3.10/rosetta_bin_linux_2018.33.60351_bundle/main/database -ignore_unrecognized_res #如果输入...
下载ddg_rosetta进行安装,同时也较新 github.com/jlingford/dd 关键:确保当前环境下有python3.12(我的shell默认的是python3.8,但安装失败。后装python3.12.8,再用python3.12安装:python3.12 setup.py install,成功!) 安装: conda 创建并激活环境——解压ddg_rosetta-master包——进入解压文件夹并python3.12 setup.py...
Rosetta version: 3.12 and 2022.11 Overview RosettaDDGPrediction is a Python package to run Rosetta-based protocols for the prediction of the ΔΔG of stability upon mutation of a monomeric protein or the ΔΔG of binding upon mutation of a protein complex and analyze the results. ...
Rosetta_ddG_calculations.ipynb Created using Colaboratory Feb 7, 2024 Repository files navigation README Notebooks with Rosetta and Pyrosetta applications NotebookKeywords Protein mutational free energy (ΔΔG) prediction: Application to Rep68 origin binding domainfree energy calculation, cartesian_ddG, Fas...
准备好输入文件后就可以正式执行ddg_monomer程序了。其执行命令如下: /path/to/ddg_monomer.linuxgccrelease -in:file:s WT.pdb -ddg::mut_fileH192P.mutfile -ddg:weight_filesoft_rep_design -database/usr/local/rosetta/main/database/ -fa_max_dis...
Rosetta Flex ddG是2018年发布的最新蛋白亲和力成熟模块。其考虑了蛋白质复合物界面的骨架柔性,使用多构象集合评估平均的突变结合自由能变,并使用GAM模型对能量打分进行校正,使其更加符合实验结果。 通过大量测试结果表明,Rosetta Flex ddG模块在预测Small-to-lar...
tcsh /usr/local/rosetta/main/source/src/apps/public/ddg/convert_to_cst_file.sh mincst.log > input.cst 上面的命令中convert_to_cst_file.sh是我们的目标脚本,input.cst是本步骤生成的限制文件,mincst.log是下一步能量最小化过程生成的log文件。
python2 PATH to Rosetta/tools/protein_tools/scripts/clean_pdb.py 4NEC.pdb A 以上操作将输出为4NEC_A.pdb 2.能量最小化 ddg_monomer输入的晶体数据必须进行能量最小化操作: mpirun -np 6 PATH to Rosetta/main/source/bin/minimize_with_cst.mpi.linuxgccrelease -in:file:s 4NEC_A.pdb -in:file:...
Rosetta Flex ddG是2018年发布的最新蛋白亲和力成熟模块。其考虑了蛋白质复合物界面的骨架柔性,使用多构象集合评估平均的突变结合自由能变,并使用GAM模型对能量打分进行校正,使其更加符合实验结果。 通过大量测试结果表明,Rosetta Flex ddG模块在预测Small-to-large mutation组、Multiple mutations, none to alanine组、Sin...
使用工具:RosettaDesign家的ddg_monomer 使用目的:点突变,计算结构能量的稳定情况 看懂命令:有后缀.linuxgccrelease的,可以直接输入路径以及这个名称,就直接执行了的意思,后面只要加个空格,就可以补充自己需要的修改操作 # 流程 ## 简介 原理:我细细看了视频之后再来解释。