RosettaDDGPrediction Rosetta version: 3.12 and 2022.11 Overview RosettaDDGPrediction is a Python package to run Rosetta-based protocols for the prediction of the ΔΔG of stability upon mutation of a monomeric protein or the ΔΔG of binding upon mutation of a protein complex and analyze the res...
GitHub中有2个RosettaDDGprediction,不要用原版的,安装时会下载很多东西且联网老超时报错。 下载ddg_rosetta进行安装,同时也较新 github.com/jlingford/dd 关键:确保当前环境下有python3.12(我的shell默认的是python3.8,但安装失败。后装python3.12.8,再用python3.12安装:python3.12 setup.py install,成功!) 安装: ...
ddg_prediction.out这个文件是最重要的,因为里面有我们需要的ΔΔG数据,也就是野生型吉布斯自由能与突变性吉布斯自由能的差值。如果ΔΔG数值为负,即突变性的自由能低于野生型的能量,那么说明Rosetta软件预测该突变型是有效的,能够提高野生型的稳定性。 上面我们介绍了如何运行ddg_monomer来预测单个点突变的稳定性。
程序运行结束后,我们能够获得包括ddg_prediction.out在内的一系列文件。ddg_prediction.out这个文件是最重要的,因为里面有我们需要的ΔΔG数据,也就是野生型吉布斯自由能与突变性吉布斯自由能的差值。如果ΔΔG数值为负,即突变性的自由能低于野生型的能量,那么说...
Rosetta_ddG_calculations.ipynb Created using Colaboratory Feb 7, 2024 Repository files navigation README Notebooks with Rosetta and Pyrosetta applications NotebookKeywords Protein mutational free energy (ΔΔG) prediction: Application to Rep68 origin binding domainfree energy calculation, cartesian_ddG, Fas...
The I-TASSER Suite: protein structure and function prediction. Nat. Methods 12, 7–8 (2015). CAS PubMed PubMed Central Google Scholar van Zundert, G. C. P. et al. The HADDOCK2.2 web server: user-friendly integrative modeling of biomolecular complexes. J. Mol. Biol. 428, 720–725 (...
Yang, J. et al. The I-TASSER Suite: protein structure and function prediction.Nat. Methods12, 7–8 (2015). CASPubMedPubMed CentralGoogle Scholar van Zundert, G. C. P. et al. The HADDOCK2.2 web server: user-friendly integrative modeling of biomolecular complexes.J. Mol. Biol.428, 720...
-DDG_cutoff 设定仅输出ddG优于此限制的突变 (其他信息略) 3:确认要使用的代码,记录下来并到终端运行。 我们使用的代码是(此时在Rosetta目录下): ./main/source/bin/pmut_scan_parallel.linuxgccrelease -database ./database -s ~/Rosetta_task/in_1.pdb -ex1 -ex2 -extrachi_cutoff 1 -use_input_sc ...
在装RosettaDDGprediction时,READ.md文件中要求必须要装Rosetta套件,故此。 本机:WSL2(Ubuntu2020.04) 一、kimi:conda安装方法(没试过) 二、手动编译[1] 1.下载并解压 官网:https://rosettacommons.org download——选择学术版下载——选择最新版下载
在装RosettaDDGprediction时,READ.md文件中要求必须要装Rosetta套件,故此。 本机:WSL2 (Ubuntu2020.04)一、kimi:conda安装方法(没试过)二、手… Rosetta_11_Rosetta能量最小化 SIAT 王鸿奎 微生物学博士,专攻蛋白质理性设计和AI辅助蛋白质定向进化。 介绍蛋白质不是一个静态的结构,而是时时刻刻经历着构型的波动。