Cartesian_ddG是一种新的采样方法,与ddg_monomer不同,对于骨架柔性的计算并不需要大量重复的强限制约束,而是采取了卡迪尔空间的优化来允许小幅度的骨架运动。在计算∆∆G时,Cartesian_ddG方法使用两步Relax的方法,预先使用FastRelax进行优化,确定野生型以及点突变氨基酸最佳的侧链排布方式,再使用卡迪尔空间版本的FastRel...
笛卡尔项39 也是cartesian_ddG方法的基础,该方法已被用于计算突变的 ΔΔG 值(其中 ΔG 是折叠自由能),以评估蛋白质稳定性的变化。只有突变位点附近残基的骨架和侧链才允许移动40。由于进行了局部优化,该方案比之前的黄金标准 ddg_monomer41 更快,同时保持了相同的准确度。REF2015 现在兼容更多的化学构筑模块--规...
Rosetta_ddG_calculations.ipynb Created using Colaboratory Feb 7, 2024 Repository files navigation README Notebooks with Rosetta and Pyrosetta applications NotebookKeywords Protein mutational free energy (ΔΔG) prediction: Application to Rep68 origin binding domainfree energy calculation, cartesian_ddG, Fas...
Provean获得了合理的结果,同时在计算上比其他方法便宜,并且不需要蛋白质的结构。 除了提交给CAGI5社区实验的方法之外,为了高精度地告知其他方法,我们还评估了Rosetta的ddg_monomer协议,Rosetta的cartesian_ddg协议以及使用Amber软件包进行的热力学积分计算的预测。 ELASPIC仍然可以达到最高的精度,而Rosetta的catesian...
nonideal/Cartesian scoring”，命令行为“cartesian_ddg.static.linuxgccrelease -s ../lowest_energy....
cartesian-ddG.md Updated cartesian ddG (markdown) Aug 8, 2023 config-public.ru restoring configuration files Jun 17, 2015 config.ru take the hostname from ENV (but keep the old one as default) so we ca… Mar 6, 2021 coupled-moves.md Updated coupled moves (markdown) Mar 4, 2019 ...
-DDG_cutoff 设定仅输出ddG优于此限制的突变 (其他信息略) 3:确认要使用的代码,记录下来并到终端运行。 我们使用的代码是(此时在Rosetta目录下): ./main/source/bin/pmut_scan_parallel.linuxgccrelease -database ./database -s ~/Rosetta_task/in_1.pdb -ex1 -ex2 -extrachi_cutoff 1 -use_input_sc ...
而Mutfile目前兼容:ddg_monomer以及Cartesian_ddG这两个应用。 Mutfile与Resfile的作用效果是不同的: 在控制采样的逻辑方面方面,Mutfile是写死的格式,比如我想让51号Leu突变Ala,我就必须明确写明该位点的氨基酸如何进行突变(详见section3)。而Resfile可以指定氨基酸的突变方向,比如我可以让51号Leu突变成非极性氨基酸(...
Cartesian_ddG: 更快更准确的单点突变自由能预测方法 谷雨 力文所生物科技有限公司CIO/RosettaAI社区发起人 谷雨: 作者: 吴炜坤 参考: Hahnbeom Park, Philip Bradley, Per Greisen Jr., Yuan Liu, Vikram Khipple Mulligan, Dav…阅读全文 赞同62 103 条评论 分享收藏 蛋白质稳定性预测...