RNA-seq目前是测量细胞反应的最突出的方法之一。RNA-seq不仅能够分析样本之间基因表达的差异,还可以发现新的亚型并分析SNP变异。本教程[1]将涵盖处理和分析差异基因表达数据的基本工作流程,旨在提供设置环境和运行比对工具的通用方法。请注意,它并不适用于所有类型的分析,比对工具也不适用于所有分析。此外,本教程的重点...
可以看到,GATK的工具一如既往的慢,HaplotypeCaller这一步通过拆分interval并行分析,最后合并vcf,速度从1个小时以上降到了9分钟。剩下的几步,SplitNCigarReads,BaseRecalibrator,ApplyBQSR都非常占用时间。也难怪市面上各种加速方案了。
/home/software/gatk-4.1.4.0/gatk SelectVariants --select-type SNP \ -V combined.genotype.vcf \ -O combined.genotype.snp.vcf 硬过滤 RNA数据不支持VQSR,使用FS > 30.0 & QD < 2.0,GATK建议过滤掉在35bp范围内出现3个以上的SNP的情况(-window 35 -cluster 3)推荐命令 /home/software/gatk-4.1.4.0/...
GATK是一个很全面的工具,不仅可以做DNA-seq的数据分析,也可以用来做RNA-seq的数据分析,此为用GATK做RNA-seq的数据分析(snps 和indels)。 1.mapping to the reference. 其中这一步不是用GATK的命令来做,但是GATK有推荐做RNA-seq的软件,GATK推荐的是STAR,为什么选择这个,作者说的很清楚,因为它提高了sensitivity,...
本文旨在通过RNA-Seq技术,识别胃癌不同阶段(I期、II期和III期)与正常组织之间的差异表达基因(DEG)、单核苷酸多态性(SNP)和转录因子(TFs)。作者利用Illumina测序平台,获得了超过4亿个读数,旨在全面解析胃癌的转录组变化。📈 数据分析流程: 数据读取和质控 ...
如果测序的质量不错,接下来就可以进行表达差异的分析。 RPKM 指标 目前最常用的,对基因表达量进行相对定量的一个指标,就是「RPKM 值」(Reads Per Kilobase of exon model per Million mapped reads),翻译成中文就是每一百万条比对到基因组上的 Reads 当中,...
RNA结构变异分析(可变剪接、融合基因、点突变) 结构上的变异,也就是RNA序列的变异。主要是3种:可变剪接、融合基因、点突变(SNP)。 结构分析需要较深的测序深度,一般建议测10G以上的数据量。原因是二代测序目前的测长还不是很长,每一个Read只有大约100到125个Bp左右。如果测序深度不够,那么读到的这些read在整个...
一般来说,NGS测序特别是RNA-seq正在迅速改变实验的设计和执行方式。由于技术的飞速发展,可以公平地说,对于一个特定问题没有单一的正确答案。而且许多RNA-seq项目有多个目标,例如,可能需要鉴定样本中的新基因融合转录物,对已知基因的丰度进行量化,并鉴定已知基因中的任何SNP。
此后,ASE 的定义已扩展到包括体细胞突变。从根本上说,对于 RNAseq,ASE 需要杂合的代理变体,通常是单核苷酸多态性 (SNP),这有助于对母系和父系遗传染色体之间的相对表达进行确定。 图2 对于ASE,人们通常通过野生型等位基因的单基因表达来推断致病等位...