来自组织和/或细胞群体的RNA-seq彻底革新了我们对生物学的理解,但是它无法简单地用于解析特定的细胞类型,并且不能保留空间信息,这些对于理解生物系统的复杂性都是至关重要的。使用户能够处理非bulk RNA的方法与标准RNA-seq protocols非常相似,但是可以解决的问题却截然不同。单细胞测序已经揭示了在过去我们认为研究透彻...
这些表达量的主要区别是:通过不同的标准化方法为转录本丰度提供一个数值表示,以便于后续差异分析。 标准化的主要目的是去除测序数据的技术偏差:测序深度和基因长度。 测序深度:同一条件下,测序深度越深,基因表达的read读数越多。 基因长度:同一条件下,不同的基因长度产生不对等的read读数,基因越长,该基因的read读数...
胃癌(GC)是全球癌症发病率和死亡率的主要原因 ,在亚洲、东欧和中美洲的发病率尤其高。在个体患者之间,胃肿瘤经常表现出高水平的组织学、转录组学和(表观)基因组变异,具有不同的临床行为和治疗反应(“患者间异质性”)。将这种异质性纳入胃癌临床管理,并确定驱动胃癌变异特征的分子途径,代表了改善患者预后的重要目标。
参考基因组是RNA-seq有参分析的基础。它提供了一个标准化的框架,用于比较和分析不同样本中的基因表达水平。### 小RNA(small RNA) 🌐 小RNA是一类长度大约在18-30bp的非编码RNA分子,包括microRNAs、siRNAs和piRNAs等。它们在基因表达调控、生物个体发育、代谢及疾病的发生等生理过程中起着重要作用。### 非编码R...
RNA聚类分析中，发现小麦再生过程中存在着时序基因表达，并且这种时序基因表达与染色质开放性高度相关；H3K27me3的减少和H3K4me3的增加与愈伤组织诱导后期的关键基因激活密切相关；基于转录与染色质开放性的高度相关，研究团队使用RNA-seq和ATAC-seq数据构造了转录调控网络，该网络中不同聚类的基因之间表现出顺序的调控关系...
今天跟大家强推这篇近期发表在Nat Comm上的单细胞解析肿瘤微环境生信好文!小编私以为就凭借这个思路,这个结果,但凡单细胞测序样本量再大一些,只发到NC都亏了!文章标题:A single-cell analysis reveals tumor heterogeneity and immune environment of acral melanoma. ...
【简介区免费领课】【生信文章品鉴】表达差异、聚类分析、预后模型、免疫浸润等热门生信套路解析,零基础速学 7597 5 17:13 App 【知识科普】照顾生物小白,生物信息、数据挖掘是什么?文章框架、写作套路又是什么样? 4.8万 2 50:39 App 【简介区免费领课】【医学生必备】PCR实验操作全攻略+引物设计超详细步骤...
必须特别注意决定如何处理重叠多个特征的reads。 htseq-count 脚本允许在三种模式之间进行选择。 htseq-count 的三种重叠解析模式的工作原理如下:对于 read 中的每个位置 i,定义一个集合 S(i) 为所有与位置 i 重叠的特征的集合。 然后,考虑集合 S,它是(i 遍历读取或读取对中的所有位置) ...
RNA-SEQ原理及应用解析 RNA-seq技术原理及应用 报告人：柳晓东2012.4.16 •1、RNA-seq技术简介•2、RNA-seq技术原理•3、RNA-seq技术优势•4、RNA-seq技术应用•5、RNA-seq发展前景 一、RNA-seq技术简介 RNA-Seq(RNAsequencing)，即RNA测序又称转录组测序，就是把mRNA，smallRNA和non-codingRNA（ncRN...