来自组织和/或细胞群体的RNA-seq彻底革新了我们对生物学的理解,但是它无法简单地用于解析特定的细胞类型,并且不能保留空间信息,这些对于理解生物系统的复杂性都是至关重要的。使用户能够处理非bulk RNA的方法与标准RNA-seq protocols非常相似,但是可以解决的问题却截然不同。单细胞测序已经揭示了在过去我们认为研究透彻...
单细胞RNA测序(scRNA-seq)技术已成为解开单个细胞内RNA转录物的异质性和复杂性,以及揭示高度组织化组织/器官/生物体内不同细胞类型和功能的组成的最先进方法。通过单细胞RNA测序,现在可以在一项研究中分析超过数百万个细胞的单细胞水平的转录组。这使我们能够在转录组水平上对每个细胞进行分类、表征和区分,从而识别出...
单细胞转录组测序的兴起：单细胞转录组测序（scRNA-seq）技术可以解析单个细胞的基因表达谱，揭示细胞异质性和亚群特征，已成为转录组学研究的前沿领域。多组学整合分析：将转录组数据与基因组、表观组、蛋白质组、代谢组等多组学数据进行整合分析，揭示基因调控网络和复杂生物过程的系统性理解，是未来研究的重要趋势。...
htseq-count 脚本允许在三种模式之间进行选择。 htseq-count 的三种重叠解析模式的工作原理如下:对于 read 中的每个位置 i,定义一个集合 S(i) 为所有与位置 i 重叠的特征的集合。 然后,考虑集合 S,它是(i 遍历读取或读取对中的所有位置) 模式并集, 取所有集合 S(i) 的并集。 对于大多数用例,建议使用此模...
1. 注意事项 了解RNA提取和RNA-seq文库制备实验过程中的步骤，有助于设计RNA-seq实验，但有一些特殊的...
荧光原位杂交 (FISH) 和实时定量聚合酶链反应 (RT-PCR) 尽管敏感度较高,但是只能检测单个融合基因。此外这些方法不能够识别新的融合基因伴侣或者解析复杂的结构重组。靶向RNA测序 (RNA-seq) 能够克服这些限制,敏感地检测到罕见或者较低表达的转录本。 FISH 及RT-PCR是诊断基因融合的常规方法,而靶向RNAseq使用生物...
标准化的主要目的是去除测序数据的技术偏差:测序深度和基因长度。 测序深度:同一条件下,测序深度越深,基因表达的read读数越多。 基因长度:同一条件下,不同的基因长度产生不对等的read读数,基因越长,该基因的read读数越高。 1.Count值 对给定的基因组参考区域,计算比对上的read数,又称为raw count(RC)。在RNAseq...
抗冻性不仅决定着植物的地理分布,而且影响着作物、蔬菜和水果的产量,已成为温带和北温带地区人们关注的焦点。植物通过一个称为“低温驯化”的过程来增加它们的抗冻性,而通过“脱驯化”失去抗冻性。低温驯化是一个多基因调控的过程,伴随着植物的生理调节。多年生木本植物的低温驯化通常包括两个阶段,分别由短光周期和低温...
RNA-SEQ原理及应用解析 第一页，共20页。•1、RNA-seq技术简介•2、RNA-seq技术原理 •3、RNA-seq技术优势 •4、RNA-seq技术应用 •5、RNA-seq发展前景 第二页，共20页。一、RNA-seq技术简介 RNA-Seq(RNAsequencing)，即RNA测序又称转录组测序，就是把 mRNA，smallRNA和non-codingRNA （ncRNA）...