这种情况在短读长RNA-seq中也会导致可控的3ʹ端偏好,但对定位于应用长读长的RNA-seq分析全长转录组的研究者来说,即使是低水平的RNA降解,效果也会受限。因此,相关研究者需要在RNA提取后进行严格质控。其次,中位读长长度也会受到文库制备中的技术问题与技术偏好的限制,例如cDNA合成过程中的截断或降解的mRNA反转录...
为了从scRNA-seq数据中识别每个细胞簇中富集的转录因子,可使用SCENIC软件实现转录因子(TF)的推断,主要原理是:通过搜索靶基因的假定的调控区域来富集转录因子基序,然后转录因子基序富集可以实现候选TF调控因子与候选靶基因的连接。SCENIC有R和Python版本,推荐使用pySCENIC运行大的数据集,当前支持人、小鼠和果蝇等物种,也可以...
转录组测序（RNA-Seq，RNA sequencing）是通过高通量测序技术对生物体内全部转录产物（包括mRNA、非编码RNA等）进行测序的技术。转录组测序能够定量检测基因表达、发现新的转录本、分析基因结构变异和识别基因表达调控网络，是揭示基因功能和调控机制的重要手段。一、转录组测序的概念与原理 转录组是指一个细胞、组织或...
批次效应是RNA-seq分析的一个重要问题，仅由批次效应就能导致显著的表达差异。Hicks SC, et al., bioR...
用于将 RNA-seq 读数解复用到细胞特异性 bin 中的计算工具使用各种诊断指标来过滤掉人工数据或低质量数据。 例如,存在多种去除环境 RNA 污染的方法 [Lun 等人,2019,Muskovic 和 Powell,2021,Young 和 Behjati,2020]、双峰检测 [Bais 和 Kostka,2019,DePasquale 等人,2019, McGinnis 等人,2019,Wolock 等人,201...
第一部分:将RNA-seq数据映射到参考基因组上 第二部分:将RNA-seq数据映射到参考转录组上,并且生成基因表达矩阵,用于第三部分分析 第三部分:使用DESeq包鉴定差异表达基因(成对), 第四部分:对差异基因进行后续的GO和KEGG注释 1 目标 RNA-Seq 模块的目标是说明如何处理和分析 RNA-Seq 数据以识别差异表达基因 (DGE...
图2 (a)RNA-seq鉴定的所有unigenes的主成分分析,(b)DEGs差异表达基因的韦恩图,(c)基于DEGs的KEGG通路的韦恩图 三组试验F-NA vs. F-CA(I)、A-NA vs. A-CA(II)及A-NA vs. A-CA+UVB(III)分别注释了3023、1235和2620个差异表达基因,其中438个为共同差异表达基因,另有2229、122和1259个上调或下调基因...
荧光原位杂交 (FISH) 和实时定量聚合酶链反应 (RT-PCR) 尽管敏感度较高,但是只能检测单个融合基因。此外这些方法不能够识别新的融合基因伴侣或者解析复杂的结构重组。靶向RNA测序 (RNA-seq) 能够克服这些限制,敏感地检测到罕见或者较低表达的转录本。 FISH 及RT-PCR是诊断基因融合的常规方法,而靶向RNAseq使用生物...
RNA-Seq(RNAsequencing)，即RNA测序又称转录组测序，就是把 mRNA，smallRNA和non-codingRNA （ncRNA）全部或者其中一些用高通量测序技术进行测序分析的技术。第三页，共20页。转录组的含义：•转录组是指特定组织或细胞在某一发育阶段或功能状态下转录出来的所有RNA的总和,主要包括mRNA和非编码RNA(noncodingRNA,...