参考文献: [1] Zhang L, Richards A, Barrasa MI, Hughes SH, Young RA, Jaenisch R. Reverse-transcribed SARS-CoV-2 RNA can integrate into the genome of cultured human cells and can be expressed in patient-derived tissues. Proc Natl Acad Sci U S A. 2021;118(21):e2105968118. doi:10.1073...
目前的版本是1.1.4,可以看到红色框内部指出gfold软件特别适合当没有生物学重复的情况下的RNAseq的数据分析。该软件称尤其适合做无重复样本的差异分析,它对foldchange 的计算考虑到posterior distribution,即克服了pvalue评估显著性的缺点,同时也克服了 fold change 在评估低counts 数的gene时的缺点。 软件功能 主要是5...
图一、Circ-arRNA在内源转录本上实现高效、精准的编辑由于ADAR蛋白的底物为双链RNA，靶向RNA与circ-ar...
2019年3月25日,来自宾夕法尼亚大学/费城儿童医院的邢毅教授团队在Nature Methods上发表了题为Deep-learning augmented RNA-seq analysis of tran splicing的工作,首次将深度学习与贝叶斯假设检验结合,用于RNA可变剪接分析。该文章提出了一种新的计算框架(DARTS,Deep-learning Augmented RNA-seq analysis of Tran Splicing...
利用RNAseq数据做聚类分析 library(ConsensusClusterPlus) library(factoextra) library(cluster) library(NbClust) # 读入数据 data = read.table("T_405_ex.txt",header = T, row.names = 1) b = matrix(data, nrow = 1, ncol = 1) new<-as.matrix(t(data))...
近日,Horticultural Plant Journal在线发表了浙江农林大学园艺科学学院果树基因组学与分子设计育种团队题为“Identification and characterization of genes related to m6A modification in kiwifruit using RNA-seq and ATAC-seq (猕猴桃m6A修饰相...
改成：htseq-count -t CDS alignSRR1173985.sort.bam GCF_000005845.2_ASM584v2_genomic.gtf -c ...
利用这171个样本的基因表达和DNA甲基化数据进行相关性分析。图3为产生最小P值的16个基因的相关分析结果。总之,研究人员共鉴定出79个基因的表达水平与相应DMRs的甲基化水平显著相关。 之后,研究人员用同时具有 RNA-Seq 和 DNA 甲基化数据的其余327个组织样本作为独立数据,验证79个基因的表达水平与相应DMRs甲基化水平...
利用snakemake完成RNA-seq上游分析 #22 Open bionoob7 opened this issue Oct 9, 2024· 0 comments CommentsOwner bionoob7 commented Oct 9, 2024 环境创建及软件安装(必须)conda create -n snakemake -y && conda activate snakemake && conda install mamba -y && mamba install python=3.10 -y && ...