我们一般的RNA-seq要测的,也是mRNA的各种变化,所以,在实验过程当中,我们一般要把核糖体RNA先去掉。然后再进行建库测序。 去除核糖体RNA,并进行建库的方法有许多种。目前应用最广泛的是illumina公司的TruseqRNA建库方法。 上图是mRNA测序的建库过程图。 首先,利用高等生物的mRNA都有Poly(A)尾巴这个特点,用带有Poly(T...
最常用的GCN分析方法之一WGCNA,最初是为微阵列数据开发的,但WGCNA可用于标准化的RNA-seq数据。它广泛应用于基因表达数据集,以检测基因簇和模块,并通过分析相关网络来研究基因连接。 三、转录水平分析:转录本重构和定量 RNA-seq数据的一个重要用途是基于短RNA-seq读数恢复全长mRNA转录物结构和表达水平。目前有许多计算...
RNA测序(RNA- seq)是目前分析基因表达和发现新RNA物种的常用方法。可以用专门的方法来研究cDNA文库的制备解释RNA生物发生和代谢方面的问题。在本研究中,我们综述了目前用于基因表达一般分析的RNA-Seq方法和几个特定的应用,包括亚型和基因融合检测、数字基因表达谱、靶向测序和单细胞分析。此外,我们还讨论了在细胞中检测...
前面所述的都是基于RNA表达量的差异分析,接下来我们要说到的就是在RNA-seq中可以检测到的mRNA上的各种结构上的变异。 所谓结构上饿变异,就是RNA序列的变异。主要包括3种:1、可变剪接 2、融合基因 3、点突变(SNP) 注意:要想测RNA结构变异就必须测序的深度要比较深,一般要测10G的数据量!!! 1、可变剪接 可变...
使用DESeq2进行Mov10质量评估和探索性分析 现在我们已经很好地理解了通常用于RNA-seq的QC步骤,让我们为将要使用的Mov10数据集实现它们。 使用rlog转换标准化计数 为了改进PCA和分层聚类可视化方法的距离/聚类,我们需要通过对标准化计数应用rlog变换来调节均值方差。
“我们广泛比较了RNA-seq数据的差异表达分析的7种方法。所有方法都可以在R框架下免费获得,并以一个计数矩阵作为输入,计数即每个样品中映射到每个感兴趣的基因组特征上的reads数目。我们基于模拟数据和实际RNA-seq数据评价了这些方法。” 结论就是: “极小样本量仍是RNA-seq实验的普遍状况,对所有评价方法造成了困难;...
RNA-seq的分析依赖于精准的对于基因isoform的重建以及对于基因相对丰度的预测。继承于Cufflinks,StringTie相对于之前开发的工具更为准确,需求内存和耗时也更少。 使用者一样可以使用注释文件来帮助StringTie运行,对于低丰度的数据比较有帮助。此时StringTie依旧会对非注释区域进行转录本的组装,所以注释文件在这里是可选选项。
高通量RNA测序(RNA-seq)有望描绘出转录组的整体图像,实现样本内所有基因及其亚型的完整注释和定量。随着测序价格的不断下降,以及个人化测序仪的上市,更多的实验室有机会尝试这种新技术。 然而,测序之后的数据分析才是真正的挑战。在RNA-seq之后,还需要一些强大的计算 ...
通过一篇文献大致的过了一遍单细胞RNA-seq的分析方法,比起之前自己从头开始一步一步的做要好很多。算是师父领进门,修行看个人,现在就需要用数据去好好的实现一个。