而RNA小精灵们也很高兴,因为它们知道自己的重要使命得到了认可和理解。 这就是RNA转录组测序的神奇故事。它不仅仅是一种科学技术,更像是一种魔法,让我们能够听到生命中微小却重要的声音。 好了,现在该睡觉了。 亲爱的读者,我们的旅程就到这里结束了。通过这次旅行,您不仅学到了如何处理RNA-Seq数据,而且还窥探到...
RNA编辑(RNA editing)是指由于编码区RNA 发生核苷酸改变(包括缺失、插入和置换)而引起密码子发生变化的现象,此时mRNA序列不与模板 DNA 忠实互补。 通过分析RNA编辑现象将有助于探讨其在临床上的应用以及一些癌症的发病机制。 案例 由A碱基替换为I碱基的RNA编辑事件常发现于一些癌症中,但在人类结肠癌中很少有过研究报...
本书全面介绍了RNA-seq数据分析的基本原理和方法，内容涵盖数据分析的整个工作流程，包括质量控制、作图、组装、统计检验和代谢途径分析等。书中在进行理论讲解的同时，还使用了较多实例，不仅生物信息学家，甚至没有相关分析经验的研究人员也均可参照这些实例进行分析。图书目录 第1章RNA－seq简介 第2章RNA－seq数据...
表达谱芯片（Microarray）和转录组测序（RNA-seq）技术是基因表达检测的重要手段，但在实验设计、生物样品采集、RNA提取、文库构建方案、高通量测序平台、数据分析、实验室等方面引入误差，在数据中形成噪声，影响数据结果，掩盖真实的生物学结果，甚至导致错误的结论。 本研究利用四个标准RNA样品A、B、C和D，系统评...
《基于RNA-seq技术的中药巴戟天转录组分析和分子标记挖掘》是依托深圳大学，由王西亮担任项目负责人的青年科学基金项目。项目摘要 巴戟天以根入药，为我国四大南药之一，是重要的传统中药材，具有补肾壮阳、增强免疫力和抗抑郁等多种功效。目前对巴戟天的研究主要集中于药理功能、化学成分等方面。基因水平的研究却...
可用于做差异分析，因为做差异分析的软件要求输入原始reads数；例如DESeq2等等；
我们的旅程从获取测序数据开始。假设你已经从高通量测序平台获得了玉米的RNA-Seq数据。 通常,这些数据以FASTQ格式呈现,包含大量的短序列读取。 数据清洗:去除噪音 首先,我们需要用Trimmomatic等工具清洗数据。 为什么呢?因为原始数据中可能夹杂着适配器序列和低质量读取。以下是一个示例代码: ...
我们的旅程从获取测序数据开始。假设你已经从高通量测序平台获得了玉米的RNA-Seq数据。 通常,这些数据以FASTQ格式呈现,包含大量的短序列读取。 数据清洗:去除噪音 首先,我们需要用Trimmomatic等工具清洗数据。 为什么呢?因为原始数据中可能夹杂着适配器序列和低质量读取。以下是一个示例代码: ...
脂肪组织RNA-seq结果组内差异大，可能由多种生物学和技术因素造成。通过仔细排查和优化实验设计与分析方法...