基因共表达网络分析(Weighted Gene Co-Expression Network Analysis, WGCNA) 基因集富集分析(Gene Set Enrichment Analysis, GSEA) 时序分析 基因融合分析 RNA编辑分析 蛋白互作网络分析(Protein interaction network analysis, PINA) 代谢途径可视化分析 8.RNA-seq结果图片如何解读? 测序项目完成,我们会获得大量的数据,包...
1. 基因共表达网络分析(Weighted Gene Co-Expression Network Analysis, WGCNA) 基因共表达网络是基于基因间表达数据的相似性而构建的网络图,图中的节点代表基因,具有相似表达谱的基因被连接起来形成网络。通过构建基因共表达网络,可以深入探讨基因间的相互作用关系并挖掘核心基因(hub gene)。 农学:获得跟其生产发育、...
(Gene Set Enrichment Analysis, GSEA) 一般差异富集分析(GO和KEGG)需设置差异基因筛选阈值,侧重关注少数显著上调或下调的基因,容易遗漏部分差异表达不显著却有重要生物学意义的基因,忽略部分基因间调控关系,对筛选出的单个基因难以研究其功能和生物学意义,且有时会出现我们所关注的关键基因或通路差异表达并不显著的情况。
RNA-seq指的是对RNA进行测序。“单细胞”指的是RNA采样的丰度低到只有一个细胞的RNA那么多，也能测出...
1. 什么是RNA-seq？细胞是房子，DNA是房屋设计图，RNA和蛋白质就是砖瓦木石。以DNA为模板，转录成RNA...
iii) pathway analysis, iv) fusion gene detection v) expressed variant calling. 参考 Google search:RNA-seq library construction The impact of RNA sequence library construction protocols on transcriptomic profiling of leukemia Introduction to RNA-Seq for Researchers- YouTube - 整个过程讲得比较全面 ...
2017 Molecular Cell - Single-Cell Alternative Splicing Analysis with Expedition Reveals Splicing Dynamics during Neuron Differentiation : STAR, human genome (hg19), using GENCODE (v19) gene annotations; sailfish - GENCODE v19 protein-coding and long non-coding RNA annotation. Outrigger ...
read counts是测序之后每个基因测到的reads数量，可用于做差异分析，因为做差异分析的软件要求输入原始reads...