RNA-seq是目前生信一个重要的技术组成和科研内容。一般来说,我们在RNA-seq进行差异分析时最好使用Count值,因为limma-voom、edgeR和DESeq2都是针对RNA-seq的Count值分布进行假设,从而设计的软件。但是,在实际过程中,我们并不是总能获得其Count值,而经常得到的是FPKM或者TPM值,那对于这种情况,我们能不能使用类似于分...
这就是RNA转录组测序的神奇故事。它不仅仅是一种科学技术,更像是一种魔法,让我们能够听到生命中微小却重要的声音。 好了,现在该睡觉了。 亲爱的读者,我们的旅程就到这里结束了。通过这次旅行,您不仅学到了如何处理RNA-Seq数据,而且还窥探到了玉米这个神秘生物的生命密码。 记得,科学就像一场冒险,总有更多未知等待...
(2016)基于RNA-Seq的GSEA分析揭示了STK39基因的表达与非小细胞肺癌相关的过程和通路显著相关,表明STK39基因参与了非小细胞肺癌的发生和发展,其可作为潜在的生物标记(图2)。 图2 基于RNA-Seq数据所做的基因集富集分析 3. 时序分析 是指对相同样本在一个时间段的不同时间点的基因表达水平进行测量,以观测该样本在...
《RNA-seq 数据分析实用方法》是科学出版社出版的图书，作者是[芬]E.科佩莱恩，[芬]J.图梅拉，[芬]P.萨默沃，[瑞典]M.赫斯，[芬]G.旺 内容简介 本书全面介绍了RNA-seq数据分析的基本原理和方法，内容涵盖数据分析的整个工作流程，包括质量控制、作图、组装、统计检验和代谢途径分析等。书中在进行理论讲解的...
《基于标准样品的Microarray与RNA-seq噪声分析与消除》是依托复旦大学，由郁颖担任项目负责人的青年科学基金项目。项目摘要 表达谱芯片（Microarray）和转录组测序（RNA-seq）技术是基因表达检测的重要手段，但在实验设计、生物样品采集、RNA提取、文库构建方案、高通量测序平台、数据分析、实验室等方面容易引入误差，在数据...
用RNA-SEQ测一个新的物种的深度测序，然后分析，可以发什么样的文章？？？现在缺5左右的文章 好多SCI...
《基于RNA-seq技术的中药巴戟天转录组分析和分子标记挖掘》是依托深圳大学，由王西亮担任项目负责人的青年科学基金项目。项目摘要 巴戟天以根入药，为我国四大南药之一，是重要的传统中药材，具有补肾壮阳、增强免疫力和抗抑郁等多种功效。目前对巴戟天的研究主要集中于药理功能、化学成分等方面。基因水平的研究却...
什么是累计分布图?百度百科的定义 对于所有实数,累积分布函数定义如下: image.png 即累积分布函数表示:对离散变量而言,所有小于等于a的值出现概率的和[1]。 ggplot(data2,aes(value))+stat_ecdf(geom="step",size=1)+scale_x_continuous(breaks=c(-1,0,0.58,1.5,2,2.5,3))+geom_vline(xintercept=0.58,...
read counts是测序之后每个基因测到的reads数量，可用于做差异分析，因为做差异分析的软件要求输入原始reads...