RNA-Seq,即RNA测序技术,也称为转录组测序技术,是一种通过观察基因表达来分析整个基因组的技术。主要测序对象包括信使RNA(mRNA)、微RNA(miRNA)和非编码RNA(ncRNA),用高通量测序技术进行测序分析,反映出它们的表达水平。🚀 高通量测序技术 高通量测序技术(High-throughput sequencing),也称为“下一代”测序技术(Next...
RNA-Seq数据,在这里指的是基于NGS测序技术,在转录组水平对样本中基因表达进行定量,得到的counts数据,比如HTseq,hisat2,RSEM等上游定量分析软件得到的counts矩阵。 得到样本基因表达数据后,我们通常会对不同样本分组,然后进行差异表达分析,将基因表达变化与表型联系起来,解释与表型...
现在的RNA-seq更常用于分析差异基因表达(DGE, differential gene expression),而从得到差异基因表达矩阵。RNAseq在过往十年里逐渐成为全转录组水平分析差异基因表达和研究mRNA差异剪接必不可少的工具。 因此,RNAseq转录组分析是每一个建立生物信息团队的Lab和立志从事生物信息工作的scientist的【必备技能】之一。本文将会...
RNA-seq是一种十多年前开发的技术,它在分子生物学中广泛运用,影响着我们对基因组功能理解的方方面面。RNA-seq最常用于分析差异基因表达(Different Gene Expression),即比较不同样本中基因表达的差异。 什么是RNA-seq? 简单来说,RNA-seq 是一种用于研究细胞中 RNA 分子的方法。它帮助科学家了解哪些基因在什么时候...
GO分析是RNA-seq分析中非常常用的一种分析。GO是Gene Ontology的缩写,Gene Ontology是一个国际化的、基因功能分类体系。这个体系用一整套动态更新的标准词汇和严格定义的概念,来全面地概括任何生物中基因和基因产物的属性。 GO主要描述基因的三个属性:基因参与的生物过程(biological process, BP),基因产物的功能(molecul...
RNA-seq（RNA测序）是一种先进的转录组研究技术，它利用高通量测序平台来直接测量细胞中的RNA分子数量。这种技术能够提供关于基因表达的定量信息，包括未知基因的发现、已知基因的表达水平变化、以及可变剪接事件等。RNA-seq数据分析是一个复杂的过程，主要分为以下步骤：1.数据质量控制：检查原始测序数据的...
1.RNA-seq数据分析指标 Counts:这是最基本的数据形式,指的是对特定基因或转录本的读数(reads)数量。它是原始测序数据的直接结果。 CPM (Counts Per Million):即每百万计数。这是一种标准化方法,通过将读数计数除以测序总读数再乘以一百万来校正不同样品之间的测序深度差异。
clusterProfiler或GOseq-- 进行基因本体(GO)富集分析。 GSEA- 基因集富集分析。 可视化 快速上手RNA-Seq分析流程 -- 上游 STEP01 质量控制 (Quality Control) -- 使用fastp # 新建 clean 文件夹存放 fastp 质控之后的数据mkdir-p clean# 单样本处理实例,默认选项fastp -w 20 -i raw/sample1_R1.fq.gz -I...
1、转录组分析(RNA-Seq) 李江攀RNA-Seq 的技术背景RNA-Seq 的应用领域RNA-Seq 面临的挑战及发展前景RNA-Seq 的技术背景RNA-Seq又称转录组高通量测序(transcriptome sequencing)或称为全转录组鸟枪法测序(Whole Transcriptom Shotgun Sequencing WTSS)原则上, 所有的高通量测序技术都能进行RNA测序。自2005年以来, ...