凝胶迁移实验（EMSA）：通过观察蛋白质与双链RNA的结合是否改变RNA的电泳迁移率，来判断它们是否存在相互...
描述符是用来表示RNA或蛋白质分子特征的数值,它可以用来描述分子的结构、序列、功能等特征。这些描述符可以用来预测RNA-蛋白相互作用。 常用的RNA-蛋白相互作用预测描述符包括RNA结构、蛋白质结构、RNA序列、蛋白质序列、RNA功能、蛋白质功能等。这些描述符可以用来预测RNA-蛋白相互作用。需要注意的是,RNA-蛋白相互作用...
清华大学张强锋课题组在Cell Research杂志上,发表了题为“使用人工智能方法基于细胞内RNA结构预测蛋白质-RNA动态相互作用”(Predicting dynamic cellular protein–RNA interactions by deep learning using in vivo RNA structures)的研究长文。该工作首先使用icSHAPE实验解析了七种常用细胞类型的RNA二级结构图谱,并开发人工...
相互作用位点预测mRNA生物过程物理学方法计算机方法基因融合蛋白质与RNA的相互作用在很多生物过程中起到了非常重要的作用.例如,蛋白质的合成,基因融合,mRNA的加工等生物过程.RNA在蛋白质上的结合位点的识别,主要是通过生物物理学方法在体外研究和分析RNA蛋白质复合物.这些方法需要实验过程繁琐,耗费大量人力和财力.王翠翠,...
计算预测蛋白质-RNA相互作用预测蛋白质-RNA相互作用的计算方法主要包括基于物理原理的分子动力学模拟、基于机器学习的序列和结构分析等两个方面。下面将分别介绍这两个方面中的常用方法。基于物理原理的分子动力学模拟分子动力学模拟是一种基于牛顿力学的模拟方法,用来模拟分子系统的动力学过程。在预测蛋白质-RNA相互作用...
(54)发明名称 一种lncRNA-蛋白质相互作用预测方法及其 相关设备 (57)摘要 本申请实施例属于数字医疗技术领域,应用 于lncRNA与蛋白质间相互作用预测场景中,涉及 一种lncRNA‑蛋白质相互作用预测方法及其相关 设备,包括根据lncRNA序列构建第一关联图 ;根 据蛋白质序列构建第二关联图;获取第一关联图 和第二关联图...
2021年2月23日,结构生物学高精尖创新中心张强锋课题组在Cell Research杂志上,发表了题为Predicting dynamic cellular protein–RNA interactions by deep learning using in vivo RNA structures(使用人工智能方法基于细胞内RNA结构预测蛋白质-RNA动态相互作用)的研究长文。该工作首先使用icSHAPE实验解析了七种常用细胞类型的...
蛋白质和RNA 相互作用的研究为最终探明 RNA 和蛋白质相互作用的分子机制,从本质上认识相关细胞生理过程起着不可忽视的重要作用。 采用实验的方法预测蛋白质和 RNA 的相互作用有很大的局限性,或因实验步骤过多,既耗时又费力,也增加了实验结果的不稳定性。 因此,利用计算的方法预测蛋白质和 RNA 相互作用成为当前的...
BMC Bioinformatics 2011, 12:489http://www.biomedcentral.com/1471-2105/12/489RESEARCH ARTICLE Open AccessPredicting RNA-Protein Interactions Using OnlySequence InformationUsha K Muppirala1,2* , Vasant G Honavar 1,3and Drena Dobbs1,2AbstractBackground: RNA-protein interactions (RPIs) play important...