高分辨率测序技术,如RNA-Seq产生的数据,可以当做表达变化及其模式的标本。利用从NCBI SRA 的RNA-Seq数据公共库找到的人类前列腺肿瘤样本数据,我们运用了CLC Genome Workbench对病人样本和正常患者的样本进行的基因表达变化分析。为了阐明其变化的生物学过程,我们采用了利用人工筛选的生物信息数据库的IPA®软件进行相关的...
直接对RNA进行测序), 然后将cDNA 文库中的 DNA 随机剪切为小片段(或先将RNA片段化后再反转录), 在cDNA两端加上接头利用新一代高通量测序仪测序, 直到获得足够的序列, 所得序列通过比对(有参考基因组)或从头组装(de novo assem- bling)(无参考基因组)形成全基因组范围的转录谱。
现阶段,利用高通量测序技术进行lncRNA测序,并结合生物信息学的预测工具进行lncRNA分析,有助于科研工作者更快发现那些具有重要调控功能的lncRNA,分析其与特定生物学过程的关系。该方法可以更加高效地获取lncRNA序列以及位置信息,且突破了常规lncRNA芯片检测技术的使用范围限制,还可对新的lncRNA进行预测及功能分析,极大促进...
RNA-seq 转录组测序 与cfDNA体细胞突变检测相比,基因表达相关的RNA-seq转录组测序在常规的mRNA、非编码RNA (lncRNA、circRNA、microRNA/piRNA等)以及肿瘤融合基因鉴定方面应用较为成熟,业内价格透明且相当低廉。但不少转化医学项目往往选择传统的polyA富集建库,只拿到mRNA数据而丢掉了其它非编码RNA信息(常规的mRNA甚至...
IPA案例五——IPA在前列腺癌的二代测序RNA-Seq数据分析中的应用 前列腺癌是男性最常见的恶性肿瘤,也是全球男性人群中的死亡原因之一。我们的研究目标是使用电脑网络的分析工具,利用快速成长的二代测序(NGS)的数据,对疾病的机制提出新的见解和特别是对人类转录组数据的做出分析和解释。通过基因和调控区域的基因表达的分...
原来不用繁琐得安装调试Linux系统,在Windows下就能快速分析二代测序转录组数据。Rsubread就能实现此功能。说明书里面的图很直观,直接上图了(图来源https://bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/Rsubread/inst/doc/SubreadUsersGuide.pdf) 种子和投票原理 ...
RNA-seq是基于高通量二代测序技术的转录组学研究方法。A.正确B.错误的答案是什么.用刷刷题APP,拍照搜索答疑.刷刷题(shuashuati.com)是专业的大学职业搜题找答案,刷题练习的工具.一键将文档转化为在线题库手机刷题,以提高学习效率,是学习的生产力工具
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TIANSeq Fast RNA Library Kit (Illumina) 是针对Illumina高通量测序平台开发的非定向转录组文库构建专用试剂盒,可用于常规转录组分析及lncRNA等非编码RNA的分析。本试剂盒采用快速一管式的操作流程,可对RNA样本进行快速文库构建,在双链cDNA合成后,样本的末端修复和dA尾添加一步完成,所得产物无需纯化即可直接用于接头...
TIANSeq RNA纯化磁珠是一款可以用于RNA的纯化和回收的核酸产品。该试剂盒基于表面修饰的磁珠能够与核酸特异结合的原理,采用高性能磁珠和独特缓冲液体系,可有效去除反应体系中盐离子及有机杂质等。试剂盒使用操作简便、流程快速,所得RNA完整性好、纯度高。 产品特点 · 简便:简便快速的操作流程,获得高纯度RNA; · 高效...