高分辨率测序技术,如RNA-Seq产生的数据,可以当做表达变化及其模式的标本。利用从NCBI SRA 的RNA-Seq数据公共库找到的人类前列腺肿瘤样本数据,我们运用了CLC Genome Workbench对病人样本和正常患者的样本进行的基因表达变化分析。为了阐明其变化的生物学过程,我们采用了利用人工筛选的生物信息数据库的IPA®软件进行相关的...
组织中包含大量细胞，常规的RNA测序，测序对象是从很多细胞中抽提出来的，测序结果具有meta的概念，是对于...
现阶段,利用高通量测序技术进行lncRNA测序,并结合生物信息学的预测工具进行lncRNA分析,有助于科研工作者更快发现那些具有重要调控功能的lncRNA,分析其与特定生物学过程的关系。该方法可以更加高效地获取lncRNA序列以及位置信息,且突破了常规lncRNA芯片检测技术的使用范围限制,还可对新的lncRNA进行预测及功能分析,极大促进...
RNA-Seq,即RNA测序又称转录组测序,是基于第二代测序技术的转录组学研究方法:首先提取生物样品的全部转录的RNA,然后反转录为c-DNA后进行的二代高通量测序,在此基础上进行片段的重叠组装,从而可得到一个个的转录本。进而可以形成对该生物样品当前发育状态的基因表达状况的全局了解(globle)。进一步说,若和下一阶段的...
RNA-seq 转录组测序 与cfDNA体细胞突变检测相比,基因表达相关的RNA-seq转录组测序在常规的mRNA、非编码RNA (lncRNA、circRNA、microRNA/piRNA等)以及肿瘤融合基因鉴定方面应用较为成熟,业内价格透明且相当低廉。但不少转化医学项目往往选择传统的polyA富集建库,只拿到mRNA数据而丢掉了其它非编码RNA信息(常规的mRNA甚至...
fa下载地址:ftp://ftp.ensemblgenomes.org/pub/release-36/plants/fasta/arabidopsis_thaliana/dna/Arabidopsis_thaliana.TAIR10.dna_sm.toplevel.fa.gz RNASeq下载地址:https://www.ebi.ac.uk/arrayexpress/experiments/E-MTAB-5130/samples/ 分享至 投诉或建议 评论4 赞与转发 目录 1 9 4...
IPA案例五——IPA在前列腺癌的二代测序RNA-Seq数据分析中的应用 前列腺癌是男性最常见的恶性肿瘤,也是全球男性人群中的死亡原因之一。我们的研究目标是使用电脑网络的分析工具,利用快速成长的二代测序(NGS)的数据,对疾病的机制提出新的见解和特别是对人类转录组数据的做出分析和解释。通过基因和调控区域的基因表达的分...
大批量短读长RNA-seq可在各种组织或细胞样本中用于高准确性的定量基因表达和替代外显子使用。单细胞RNA测序在揭示细胞类型内基因表达的异质性方面是强而有力的。全长RNA-seq实验流程,如Smart-seq2,也可以检测可变剪接中的异质性。然而,使用短读长测序来组装转录本仍然很困难。 本文的测序数据集为揭示HSC群体中的...
mRNA存在才会被测序得到，通过测序，我们发现EGFR基因mRNA表达在肿瘤组织中高于正常组织。可以认为细胞组织...
文章提到,当使用TruSeq的建库方法,即使样本只有5ng时,其测序结果也不错;而对于严重降解的样本,文章认为Access的方法可能是更好的选择。 图6.对不同样本用量和降解程度的样本,以三种不同实验方案进行RNA测序,得出的比较结果与建议。 希望以上这些华大专家的建议和安捷伦对RNA质控的经验与理解,可以帮助您更好的应用与...